个性与共性的关系。努力突出个性、形成特色，是所有高校发展中的重要任务。强调大学走个性化的特色发展之路，并不是否定大学的共性，而是要在保持共性的同时发挥自身优势。处理好高校发展中个性与共性的关系，对政府而言，既要坚持分类指导，为不同类型高校创造良好的发展环境，又要加强综合协调，促进高水平大学优势互补、共同发展、全面进步；对高校而言，既要立足学校实际，发挥比较优势，选准主攻方向，集中有限资源，在某些方面有所突破，又要在学科建设、教学科研、师资队伍、人才培养等基础环节和运行机制方面学习借鉴世界一流大学共有的先进经验。
继承与创新的关系。继承传统是大学的立校之基，是保证大学持续健康发展的前提。一所不重视自己优良传统的大学，必然缺乏内涵和底蕴。创新是大学发展的动力源泉。只有不断创新，注重培育创新型人才，才能不断激发大学的活力，保持大学蓬勃发展的势头。在新的历史时期，高校发展应善于把握继承和创新的着力点，在继承的基础上创新，在创新的过程中继承。南开大学的“允公允能，日新月异”校训和“爱国、敬业、创新、乐群”传统，是南开人一贯珍视的宝贵财富。新时期以来，南开在继承这些优良传统的基础上，不断赋予其新的时代内涵，使传统赓续如新。
适应社会需求与引领社会发展的关系。从社会需求的角度看，高等教育作为经济社会发展的重要组成部分，具有基础性、先导性作用。高水平大学所拥有的人才优势、技术资源和创新能力，是适应社会需要、服务社会发展的关键性因素。高校应从现实需要出发加强学科建设，着力培养适应经济社会发展需求的各类人才。但是，一所优秀的大学决不应仅仅满足于适应社会需求，还要主动肩负起引导人类文明进步的神圣使命。大学应发挥道德、知识、文化等方面的优势，不断将科学精神和人文精神融入社会，在理论创新、文化繁荣、科学发现等各个领域积极思考、大胆突破，从更高的层次上引导社会向前发展。
国际化与本土化的关系。国际化是现代大学的重要目标和发展战略。只有加强同世界优秀大学的交流合作，才能拓宽师生视野、提高办学水平、扩大学校影响。本土化是指把先进的理念与本国的实际结合起来，扎根于民族文化的土壤中，汲取民族文化精华，走具有自身特色的发展道路。国际化与本土化的关系表现为：一方面，本土化以国际化为参照，以对国际先进教育理念、办学经验的学习、借鉴为前提；另一方面，本土化又是对国际化的检验。学习和借鉴决不是简单复制或照搬，而是立足现实国情和自身发展需要的消化、吸收与再创造。
基础学科与应用学科的关系。如何处理基础学科与应用学科的关系，是高校发展的关键环节之一。高校要为社会培养大批应用型人才，但这并不意味着可以忽视基础学科。没有基础学科的支撑，应用学科就会成为空中楼阁。而且，基础学科发展水平决定着整个国家的科学水平和核心竞争力，直接关系国家科技、文化事业的总体发展。因此，高校应从战略高度来认识二者关系，努力形成基础学科、主干学科、支撑学科和新兴交叉学科相辅相成的学科体系。
自然科学与哲学社会科学的关系。国家的发展固然离不开科技的进步，但如果没有人文精神的滋养，科技进步必然缺乏丰厚底蕴和有力