组织发育的外部环境，二是学校内部的运行机制。就前者而言，主要任务是建立和理顺政府、社会和学校的互动关系，就后者而言，主要是解决学校实现自主发展的条件和权利问题。
就政府而言，主要责任是构建教育服务体系，为教育发展提供必要的资金支持，其主要权力表现为对教育事业发展的宏观调控和监督，政府并不直接管理学校的事务。社会主要承担参与高校办学、为高校提供服务，并获得相应的权利。高校则主要承担提高办学水平和教学质量的责任，拥有对学校事务的充分自主权。这种政府服务、社会参与、高校自主的办校体制具有权责清晰，管理成本低，运转灵活等特点。
建立现代学校体制，首先必须加速政府职能的转变、实行简政放权。政府部门既应将部分权力如监管、认证、评价等交给社会组织，又应将学校具体事物的管理权下放给学校。这样，政府就可以集中精力构建教育服务体系，为学校发展提供更加宽松有利的宏观环境。其次，要进一步大力培育和发展教育中介组织，建立以市场为主体的社会参与机制。建立教育中介组织主要是为了加强政府和社会与学校之间的联系，确保学校的运行和发展满足为社会服务的公共目的。教育中介组织主要从事教育评估、教育认证、教育考试、教育咨询、教育信息、人才交流和教育事务代理等活动。在发达国家，一所学校一经政府批准设立，只是说明该校已经达到举办高等教育的最低标准，但要成为真正意义上的大学，必须得到社会教育认证机构的认证，因为教育机构的认证结果既是政府是否给予财政资助的重要依据，也是学生选择学校的参考指标。在我国，建立这种机制，当务之急是政府应真正承担起为教育中介组织提供生存和发展空间的责任，抓紧制定和实施旨在鼓励和保护教育中介组织的政策。因为教育中介组织的培育，需要政府制定政策来保护其合法性；同时，教育中介组织的经营，也需要政府的引导和社会的认同才能增进其权威性。从教育中介组织来看，必须进一步加强自身的建设，不断规范从业行为，努力提高教育服务质量和自己的竞争力。
对于高校来说，首要任务是要进一步深化高校内部体制改革。在充分尊重教师职业活动特点和充分保证学术民主的基础上，依靠教授办学，实现学术自由、民主管理和决策科学的有机统一，努力构建管理民主、运转高效，竞争有序的高校内部机制。由于我国高校长期以来一直都是在政府大包大揽的传统体制下成长和发展起来的，管理方式行政化、分配方式平均化、人事管理凝固化、后勤服务封闭化。一般而言，一个学校有没有生命力，关键在于：一是是否形成了学术自由和学术民主的传统，二是学校内部竞争机制的激励作用是否得到了充分发挥。而我国高校缺乏的正是这两方面。过去高校内部改革单纯强调竞争机制的建立，而忽略学术创造的特殊性，没有同时建立起在学术方面的民主评价机制，对许多学术问题往往采用行政方式进行管理。比如科研立项、科研获奖等方面都带有行政命令和长官意志的色彩，以此为基础所构建的竞争机制势必带来更大的不公。以此，高校内部体制的改革，一定要在充分尊重教师职业活动特点、充分保证学术民主的基础上进行。
坚持科学发展观，促进高等教育和谐发展，应克服不顾国情、省情和校情盲目追求学校升格的倾向，避免高等教育的同构化现象
促进高等教育和谐发展，还应着力解决高等教育的布局和结构不适应社会经济、政治和文化发展需要的问题，努力构建满足社会多层次需要、服务社会全面发展的高等教育体系。
从宏观上说，高等教育的布局和结构安排应坚持的一个基本原则就是满足社会需要、服务社会发展。在一个国家的高等教育结构中，既应有在科学研究领域居世界领先地位的研究性大学，也应有直接针对社