激励机制和保护机制。
全面履行职责，营造有利于自主创新的法治环境。要积极配合政府有关部门加强执纪执法，针对自主知识产权的研发、运用、管理各个环节，加强对自主知识产权和版权、专利、标准、商标的保护。坚决查办各类侵犯知识产权的违纪违法行为，对情节严重的恶意事件，要加大惩处力度；坚持打击与防范、日常执法与专项整治、重点整治与营造环境相结合，努力形成高效、便捷的知识产权监管体系；大力培育知识产权交易市场，完善交易规则，建立公开、有效的交易机制；提高企业和公众的知识产权保护意识，引导企业开展知识产权保护工作，努力形成政府监管、企业自律、舆论监督、群众参与的知识产权保护体系。
保护公平竞争，营造有利于自主创新的市场环境。要以公开、公平、公正为目标，深入推进市场经济秩序的规范和完善。要督促有关部门通过信息资源的开发、整合、共享和利用，为企业自主创新提供全面、便捷的公共信息服务，使企业在激烈的竞争中抢占先机；加大对扰乱市场秩序行为的查处力度，对违规操作的，要采取经济处罚、取消资质等措施，增加其违规成本和风险；通过各执纪执法机关的密切合作，维护社会公平，促进社会和谐，为企业和科技部门自主创新营造统一、开放、竞争、有序的市场环境。
推动政府职能转变，为增强自主创新能力提供优质服务。要围绕建设责任政府、法治政府和服务型政府的目标，开展执法监察和效能监察，推动政府职能部门进一步转变观念和改进工作作风，为企业自主创新提供更多更好的服务。要结合《行政许可法》的实施和检查，着手做好清理、取消不利于企业自主创新的行政审批事项工作，把该下放给企业的权力下放给企业，充分发挥企业自主创新的主体作用。要加强对政府科研项目立项审批的监管，推广网上审批和评审，发挥市场配置资源的积极作用，提高科技经费的利用效率；加强对科研经费使用情况的监督，构建严密的科技经费监管体系，严格预算管理，强化过程监管，防止违法违纪问题的发生；完善科技成果的评审和评估制度，强化对评审过程的监督；深入推进政务公开和政府信息公开，扩大社会公众参与的深度和广度，加强对政府服务企业自主创新行为的监督。
严明党的纪律，确保自主创新战略得到有效贯彻。增强自主创新能力不仅是科学技术问题、企业或经济发展问题，而且是事关党和国家前途命运的重大政治问题。坚决贯彻落实这项重大决策，必须有党的纪律作保证。胡锦涛同志在中央纪委第六次全会上的讲话中指出，党的纪律是党的各级组织和全体党员必须遵守的行为规则，党组织必须严格执行和维护党的纪律，共产党员必须自觉接受党的纪律的约束。各级纪检监察机关要把保证国家自主创新战略部署的落实作为一项重要工作来抓，加强对贯彻中央方针政策和决议执行情况的监督检查，坚决纠正有令不行、有禁不止的行为，保证中央政令畅通，确保中央的方针政策得到不折不扣的贯彻。
充分保障人才在自主创新工作中发挥应有的作用
胡锦涛同志在全国科学技术大会上的讲话中明确指出：“培养大批具有创新精神的优秀人才，造就有利