靠村民议事制度筹集资金只能是杯水车薪，因此，必须从政策上建立以财政投入为主导的水利建设投资体系。如果不增加投入，这些目标任务是很难完成的。
水利部门是政府的水行政主管部门，也是直接为“三农”服务的职能部门。在农村水利建设中，担负着方案制订、施工组织、质量控制、竣工验收、工程管护及水资源开发、利用、管理、保护等职能。为不断增强服务功能，水利部门自身在建设社会主义新农村中必须抓好以下几项服务工作：
1、科学制定水利建设规划。在规划过程中，牢固确立以人为本的科学发展观和人水和谐的治水理念，全面贯彻统筹规划、综合治理的治水工作方针，把解决人民群众最关心、最直接、最现实的问题作为建设和治理的重点，认真制定河道整治规划，圩口闸、排涝站和小型电灌站配套建设规划，水资源开发、利用、保护规划，并分别轻重缓急，制定分年实施计划。认真按计划实施，不断检查计划执行情况，努力增强水利建设工作的计划性和执行规划的严肃性。
2、规范农村水利的建设管理。为确保各项工程建设任务按期保质完成，水利部门必须规范和强化农村水利的建设管理。严格执行水利工程基本建设程序，积极推行项目法人制、招投标制、工程监理制、合同管理制和竣工验收制等各项管理制度，真正形成建设单位负责、施工单位保证、质监部门控制、政府部门监督的工程标准质量保证体系。
3、抓好业务技术指导。对水利工程建设项目，尤其是重点工程项目，水利部门应制定严格的施工规范，组织工程技术人员划定责任某地实施全程跟踪监督，从规划设计的前期准备到实施过程中的施工管理，认真进行业务技术指导。搞好阶段性的检查验收，发现问题及时采取补救措施，抓好施工记录，完善各项软件资料，为竣工验收确保工程质量创造条件。
4、继续抓好水利工程管理。水利部门必须坚持建管并重的方针，所有工程项目都按照工程性质和分级管理的要求，做到一建就管，落实责任人，明确责任制，建立农村水利工程的长效管理机制。通过加强工程管护和植树绿化，使疏浚后的各级河道都达到水清河畅岸绿，为改善农村水环境质量，确保农村饮用水安全创造条件。采取招标承包，落实经营权的办法，加强对圩堤、圩口闸、排涝站和小型电灌站的管护，以充分发挥工程设施的社会效益、生态效益和社会效益。
5、加强水行政执法。水利部门要充分发挥水行政执法主体的职能，切实加强水政监察队伍的组织建设、思想建设、制度建设和作风建设，不断提高水政监察人员的整体素质和执法水平。进一步规范水行政执法程序和执法行为，采取集中巡查和分项分段相结合，经常性工作与突击性活动相结合的办法，及时有效地查处乱圈乱围河流湖荡、人为损毁水利工程设施和非法占用等各类水行政案件，确保各类水利工程设施安全完好，充分发挥工程效益。