下几个方面[13，14]：
(1)规模化畜禽养殖与农户分散畜禽养殖
目前巢湖流域规模化畜禽养殖发展较快，2004年养殖量达到275.26万头；污水排放量为4018.84万吨；化学需氧量、氨氮和总磷排放量分别为10047.10、1507.06和170.80吨。这些污水和污染物大部分未经过处理直接排放，造成很大的污染，而农户分散养殖产生的污水、粪便等就地使用，此类污染物在地表径流、冲洗等作用下，相当多一部分最终流入巢湖，造成水体污染，因此畜禽养殖是一个不可忽视的污染源，“十一五”期间应引起重视。
防治措施：各部门和养殖户一定要建设适当的污水、固体废物处理装置，对产生的污水和污染物进行处理、处置，回收利用，变废为宝。https://
(2)非点源污染
巢湖流域2004年预计非点源污染中化学需氧量、氨氮和总磷排放量分别为4214.58、5777.63和746.66吨，而农业非点源污染占非点源污染的大部分，约在60～80%左右[1]。非点源污染相对工业、城镇生活污染治理难度更大，因此，要合理、有效地治理巢湖，非点源污染也是一个不可忽视的污染源。
防治措施：非点源污染主要通过固体废弃物集中处置、节水种植、人工湿地、合理施肥、调整农业生产结构和耕作方式等进行防治和治理。
(3)内源污染
所谓内源污染是指进入湖泊中的营养物质通过各种物理、化学和生物作用，逐渐沉降至湖泊底质表层，积累在底泥表层的氮、磷营养物质，一方面可被微生物直接摄入，进入食物链，参与水生生态系统的循环；另一方面，可在一定的物理化学及环境条件下，从底泥中释放出来而重新进入水中，从而形成湖内污染负荷。有关研究表明，巢湖内源污染负荷是外来负荷的21%，这些物质在一定条件下对流域水体污染构成很大的影响，因此有必要对其内源采取措施进行治理。
防治措施：内源污染主要通过生物调控技术、生态修复、疏挖工程、通过添加ca(oh)2促使方解石和钙磷化合物沉淀等措施对其进行治理。
4.结语
巢湖流域工业、城镇生活污染防治工作取得了可喜的成绩，使工业、城镇生活污染得到了有效控制；但是规模化养殖、农户分散养殖、非点源污染和湖泊内源等污染仍然没有得到很好地控制，可能成为今后治理工作的重点和难点，因此，“十一五”期间在防治工业、城镇生活污染的同时，应加大对养殖业、非点源、内源污染的投入和科研，从而更加全面有效地治理和控制巢湖水体污染。