农产品行业协会的间接管理；尤其是国家经贸委，不但一再制定鼓励农产品行业协会的政策，而且还进行了农产品行业协会改革的试点，以试验其全面推开的可行性。但现在政策还存在许多制约农产品行业协会健康发展的因素。表现在：（）政府在鼓励农产品行业协会发展时，更多的强调了农产品行业协会对政府的辅助和保护国有企业利益的作用，而忽略了农产品行业协会的生命之源乃行业内所有企业的共同利益。因此政府原有的许多不合理的管理职能向农产品行业协会转移，而且利用农产品行业协会维持行政性行业垄断，反而会引起广大企业的反感和抵触；（）现有的社团管理法规，把农产品行业协会与其他社团组织混同管理，忽略了农产品行业协会对建立新的市场秩序的独特作用，同时延缓了有关农产品行业协会的专门立法进程；（）现有的双重管理体制，尤其是通过行业主管部门对农产品行业协会行政合法性和政治合法性进行严格的限制，如成立审批制度和在农产品行业协会内建立党的基层组织，目的在于防止社会组织的快速发展，从而危及政府的社会合法性，这实际上严重否定了农产品行业协会的自治性质，使农产品行业协会无法履行其契约原则和民主原则，难以真正成为会员企业所信赖的组织；四对农产品行业协会课以税收和鼓励其经商办实体，实际上混淆了农产品行业协会的非营利性质，造成它的功能弥散，很可能使其由会员企业的利益代表转变成企业的负担。
⒉法制不健全
农产品行业协会管理既有社会合理合法性问题，也有政治、行政、法律合法性问题。目前，国家对农产品行业协会管理的法律法规性文件，主要依据是《社会团体管理条例》（年月），和原国家经贸委下发的一些文件。主要包括：《关于选择若干城市进行农产品行业协会试点的方案》（年），该试点工作在该年年底，未按计划完成；《关于加快培育和发展工商领域协会的若干意见（试行）》（年月）；《关于加强农产品行业协会规范管理和培育发展工作的通知》（××年月）。
《社会团体管理条例》，对社团管理以考虑政治、行政性因素为主；分类过粗，把经济类农产品行业协会与其它社会团体等同起来管理，同样实行业务主管机关和登记管理机关双重负责的管理体制，未能考虑和反映农产品行业协会的社会性等特性；业务主管机关对农产品行业协会主要领导人的任免、机构设置、财务活动、重大活动报批、对外交往和接受资助、年检初检、思想政治工作和党的建设等八个方面直接管理。原国家经贸委的文件则有明显的过渡性特点，不具法规效力，有些职能没有得到落实，一些试点经验和成果也没有纳入政策法规予以推行。这些法规、规章明显的滞后于市场经济体制建设的步伐，尤其体制外农产品行业协会发展的法律合法性，很大程度上还未解决，应该根据建设社会主义市场经济体制的总体要求和进展，及时地建立适合农产品行业协会发展的法律法规。
⒊社会认识偏差
社会认识，首先是官方认识，对民间组织怎么看，怎么对待。中国传统的“一元化”领导模式所形成的观念是：民间就是非政府，非政府就是无组织、无政府状态，是无束缚的、自由的、活跃的。从中国的文化特点来看，是单一的而非多元的。社会习惯了单一的组织类型、单一的运作方式。因此民间组织的存在首先就受到了认识上的限制，或者说从思想观念上还没有足够的准备来接纳民间组织。其次，老百姓对民间组织的认识，由于长期以来，政府组织操办所有的社会事务，多数公众对民间组织了解不足，因而也缺乏足够的信任。比如“非典”捐款，《南方都市报》的一篇评论指出，多数公众捐款时首先想到的是政府部门而不是民间组织，同时老百姓一般不放心把钱捐给那些没有影响的民间组织。认识上的问题是制约我国民间组