确保改革的顺利进行和切实保护广大群众的切身利益，在工作开展过程中要始终坚持以下工作原则：
一是要坚持责权一致、有机统一的原则。要实行“谁投资、谁所有，谁受益、谁负担”，处理好责、权、利的关系。
二是要坚持因地制宜、分类指导的原则。要从实际出发，不搞“一刀切”，宜包则包，宜卖则卖，宜租则租，宜股则股，处理好改革、发展和稳定的关系。
三是要坚持尊重民意、维护权益的原则。要通过广泛征询农民意见，实行民主决策，使改革真正做到公开、公平、公正，处理好维护农民根本利益和经营者积极性的关系。
四是要坚持政府扶持、民办公助的原则。要充分发挥好村级公益事业建设“一事一议财政奖补”的引导作用，处理好政府投入和受益农民投资投劳参与工程建设、管理及改革的关系。
五是要坚持统筹发展、持续利用的原则。要统筹规划和协调城乡水利发展和改革，加强水资源的统一管理，确保防洪、供水和生态环境安全，处理好水资源开发利用和节约保护的关系。
（三）突出三大改革重点。
一是要明晰工程产权。改革成功的关键首先在于界定好工程的产权。农村小型水利工程大体分为四个方面：第一，以农户自用为主的小微型农村水利工程。实行“自建、自有、自用、自管”，其产权归个人所有。第二，受益农户较多的非经营性工程，产权属用水合作组织或受益农户。用水户在自愿的基础上，组建用水合作组织。对于联户或自然村兴建的农村小型水利工程，可以实行联户经营或个人经营，也可以成立用水合作小组，协商解决出工、出资及水费计收等事务；对于跨村的农村小型水利工程，在明晰产权的基础上，按照受益范围组建用水合作组织管理。国家补助形成的资产归合作组织所有。第三，乡（镇）村集中供水工程，可按所有权和经营权相分离的方式确定工程产权。以国家投资为主修建的乡（镇）村集中供水工程产权属国家所有，由县区人民政府授权县级水行政主管部门行使出资人权利进行资产的处置和监管。以国家、集体和群众共同投资投劳为主修建的乡（镇）村集中供水工程产权属工程受益范围内的用水合作组织所有。以社会法人、自然人或股份制等形式投资为主修建的乡（镇）村集中供水工程产权属投资者所有，国家补助部分所形成的资产可由县区人民政府委托县级水行政主管部门持股参与经营管理，也可卖给个人经营。第四，经营性小型农村水利工程。以国家投资为主修建的工程产权属国家所有，由县区人民政府授权县级水行政主管部门行使出资人权利进行资产的处置和监管。以国家、集体和群众共同投资为主修建的工程产权按投资比例划分，国有产权可由县区人民政府授权乡（镇）人民政府或村民委员会负责管理。以社会法人、自然人或股份制等形式投资为主修建的工程产权属投资者所有，国家补助部分所形成的资产可由县区人民政府委托县级水行政主管部门持股参与经营管理，也可卖给个人经营。
二是要完善管理运行机制。改革的目的就是让工程得到更好的管理，实现更好的效益，管理运行机制转换得科学与否，直接影响到改革的成败。转换农村小型水利工程管理运行机制可归结为六类：第一类是用水合作组织。用水合作组织可以自己经营管理工程，也可以聘用有一定技术知识、生产经验和经营管理能力的人经营管理工程，受聘者直接对用水合作组织负责并受其监督。第二类是承包。通过签订承包合同，由工程所有者将工程的经营管理权委托给承包者，承包者按合同进行经营管理。承包者可以是用水合作组织内部成员，也可以是外部人员或组织。第三类是租赁。通过招标的办法与承租人签订租赁合同，在合同约定的期限内，承租人自主进行生产经营活动，按期缴纳租金，并保证租赁期满时重