生态安全对渔业科技的需求。我国水域生态环境污染状况不断加重，水生生物的生存空间不断被挤占，生物灾害、疫病频繁发生，水域生态遭到破坏，渔业资源严重衰退，水域生产力不断下降，渔业经济损失日益增大。生态安全问题已严重影响我国渔业的可持续发展。因此，迫切需要加强渔业资源养护和水域生态环境保护，减少污染危害，开发环境友好型生产技术，研究和推广适合不同区域生态安全的渔业生产和管理模式，提高渔业的生态安全水平和可持续发展能力。
现代渔业发展对渔业科技的需求。现代渔业已成为各种新技术、新材料、新工艺密集应用的行业，渔业的规模化、集约化、标准化和产业化发展，使其对科技的依赖程度在不断提高。因此，必须加快渔业科技进步，充分吸纳、融合现代生物技术、信息技术和材料技术的新成果，发展具有自主知识产权、自主品牌的设施渔业和水产品精深加工业，降低资源消耗、环境污染和生产成本，不断提高渔业的资源产出率和劳动生产率，进一步引领和支撑优质、高效、生态、安全的现代渔业发展。
渔业增长方式转变对渔业科技的需求。在当前我国水生生物资源衰退、水域环境恶化以及国际竞争日趋激烈的情况下，要实现渔业经济的可持续发展，促进渔业增效与渔民增收，必须改变现有生产模式和增长方式，用科学发展观来统领资源、环境和经济的协调发展。因此，应按照循环经济模式，加强科技创新和科技进步，着力发展资源节约、环境友好、质量安全、优质高效型渔业，推动渔业经济增长切实转移到依靠科技进步和提高渔民素质的轨道上来。
指导思想、原则和目标
指导思想
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，围绕社会主义新农村建设和发展现代渔业的战略目标，按照“自主创新、加速转化、突破瓶颈、提升产业、率先跨越”的指导方针，以提升渔业科技创新能力为核心，加快关键技术突破、技术系统集成和科技成果转化，促进渔业增长方式转变，优化结构、提高质量、增加效益、保障安全，为实现“确保水产品安全供给，确保渔民持续增收；促进渔业可持续发展，促进渔区社会和谐发展”的“十一五”渔业发展目标和扎实推进现代渔业建设提供强有力的科技支撑。
基本原则
系统研究，突出应用。坚持基础研究、应用技术研究和产业化开发并重，突出制约产业发展的重大应用技术研究和技术集成，注重对国外高新技术的引进、消化和再创新，注重其他行业先进技术向渔业领域的延伸、交叉和融合。
统筹兼顾，分类指导。坚持渔业生产、资源养护和环境保护相统一，推进渔业科学研究全面协调发展，落实“以养为主”的方针，对养殖、捕捞、加工实行分类指导，重点突破制约行业发展的关键技术和共性技术，提高产业的核心竞争力。
创新机制，凝聚力量。建立“稳定支持、适度竞争”的投入机制和“顶层设计与生产需求相结合”的立项机制，推进跨单位、跨区域、跨学科的渔科教、产学研的大协作，形成联合攻关团队与战略联盟，促进突破性成果的产生和创新效率的提高。
项目拉动，平台支撑。以国家“973”、“863”、科技支撑、国家基础条件平台、国家农业科技专项、良种体系建设工程和“948”引进计划等项目为切入点，带动渔业科技创新工作的开展；加强重点实验室和野外台站等技术平台建设，为渔业科技创新工作提供必要支撑条件。
总体目标
到2020年，形成结构完整、运行高效的渔业科技创新体系，渔业科技的整体实力进入世界前列。渔业科技投入得到较快增长，科技成果转化率和科技进步贡献率均达到63%以上，实现传统渔业向现代渔业的转变。