项目，源源不断地为新型农村合作医疗输送管理人才。管理能力的建设也包括管理手段的建设，新型农村合作医疗的计算机管理信息系统的开发和完善，是保证其高效日常运行的重要工具。
2、建立稳定的筹资增长机制。新型农村合作医疗的筹资水平5年之中翻两番，这种增长势头令人兴奋。但是，这种增加还带有明显的人治痕迹，稳定的筹资增长机制尚未建立起来。缺少了这一点，作为一种保障制度的保障功能就无法稳定地得以发挥。因此，根据医疗费用、政府财政收入、农民收入的增长等因素，建立起新型农村合作医疗筹资增长的模式是一项亟待完成的工作。
3、科学有效地使用不断增加的新型农村合作医疗基金，使农民尽可能多地受益。目前农民总体上的受益水平还不算高（ 年才近31%），这一方面是受筹资水平的制约，另一方面也与科学地制定补偿方案有关。由于未能准确地测量农民疾病的风险，或不懂得如何科学地制定补偿方案，使新型农村合作医疗基金结余过多或超支的现象在不少地方存在。在筹资水平很低的时候，主要分担农民较大的疾病风险，特别强调以“补大（住院）为主”是适当的。但随着筹资水平不断提高，就需要适当强调“补小（门诊）”的问题，即要不断增加对门诊补偿的基金数量，以扩大参合农民的受益面。
4、继续加强督导与评估。新型农村合作医疗几年来能够快速地顺利推进，也得益于有组织地、严密地督导和评估。新型农村合作医疗尚未进入稳定的常态运行阶段，这类督导和评估活动不应减弱。
第三，不断改善新型农村合作医疗与外部的关系，形成良好的互动局面。新型农村合作医疗与医疗卫生服务机构（医院/卫生院）是两个相对独立的利益群体。可以说，新型农村合作医疗对医疗服务供给者行为的规范状况及医疗费用合理控制的状况，基本决定了新型农村合作医疗的运行状况和农民的受益状况。对医院行为的规范和控制是一个比较复杂的问题，如果解决得不好，将直接影响新型农村合作医疗的巩固和发展。
新型农村合作医疗需要同医疗救助制度相衔接。若两种制度不能实现紧密衔接，贫困农民肯定会较少地利用卫生服务。事实上，至今还有不少地方存在这一问题。研究并提出有效的衔接方式，保证贫困农民公平地享受基本医疗服务，也是完善新型农村合作医疗的任务。