单位改革目标可以有多种选择。因为事业单位积累的问题较多，解决一个或几个问题是目标，解决多数或全部问题也是目标；解决表层问题是一种选择，解决深层次的问题也是一种选择。在我国目前的社会政治经济条件下，选择什么样的改革目标，使之既不显得脱离实际高不可攀，又不显得过于简单一蹴而就，这对于事业单位改革的成效和成败具有至关重要的意义。在目标的选择上笔者认为，首先要廓清一个观念即事业单位改革绝不仅仅是为了精简几个机构，减少一些人员，更不是单纯地为了减轻各级政府的财政负担。应清醒地认识到，事业单位管理体制和机构改革，不是简单的通过减少财政支出或重新进行分类就能达到目标的。此项改革的目标选择是，建立一个能够与社会主义市场经济体制相适应的、精简高效、结构合理的现代事业组织体系，改革后的事业单位管理体制，应当更有利于各项事业的发展和单位自身的发展，更有利于改善和提高公共服务的质量、推动经济发展和社会进步、尽可能满社会各方面的需求。理性的做法是，不同的事业单位应该根据自身的特点选择不同的改革目标。我们在制定改革目标时，一定要实事求是，千万不可脱离实际而好高骛远。要知道再美好的目标实现不了，也是空中楼阁。
对事业单位改革切入点的科学创新
近年来，事业单位改革存在的一个最大不足，就是事业单位的改革多数停留在微观领域，宏观体制改革明显滞后，在计划经济体制下形成的宏观制度层面上的问题基本没有解决。宏观层次上的问题没有解决，微观层次上的改革也难以深入和彻底，并且还留下不少“遗留问题”。深化事业单位改革，应该扭转这一局面，要对改革切入点进行科学创新。要从宏观体制着眼，把改革的重点放在宏观制度层面上，放在发展社会主义市场经济和各项社会事业这个高度上来考虑。从这一角度来研究突破口的问题，我们可以有以下几种选择：可以按照政事分开的原则，改革事业单位的管理体制，合理划分政事职责，将事业单位承担的行政职能划归行政机关，把一些技术性、辅助性、服务性的职能交给事业单位；可以提倡多种力量主办事业单位，打破主办主体单一的格局，实现投资主体的多元化；可以将有条件的事业单位转制改企，推进事业单位的社会化；可以通过创新机制，增强事业单位自身活力和自我发展的能力；也可以通过压缩人员经费、控制机构人员增长的方式，减少事业单位人员，减轻国家财政负担。总之，不同类型的事业单位，应针对不同的问题，选择不同的改革切入点，这样做，会更加有的放矢，改革的成效也会更实在。