任何一项改革都需要成本，这是不争的事实。国有企业改革和政府机构改革，以及政府出台的每一项改革措施，都要付出改革成本。同样，事业单位的改革也需要成本。事业单位改革的目标之一，是要减轻各级政府的财政负担。然而，这里所说的“减轻”不是“节省”，不是减少对事业单位的绝对投入数，更不是挤出钱来挪做它用，而是通过资源（或者说资金）的重新整合，更好地发挥有限资源（资金）的作用，使政府花在事业单位上的钱由目前的“财政负担”变为真正的“财政投入”，而且这种投入是随着国民经济的发展和事业的发展而不断增长的。这是我们需要认识的问题之一。事业单位改革需要经费投入，不仅布局调整需要钱，分流安置富余人员需要钱，事业单位的改企转制更需要钱。长期以来，我们的各项事业一直处于低水平的发展过程中，多数事业单位从未搞过失业保险、医疗保险和养老保险。现在要搞了，需要大量的钱。钱从哪里来？以前，大多数事业单位是财政给多少钱，就用多少钱，几乎没有积累。现在突然要事业单位自己承受这部分负担，既不合情理，也无力负担，个人更无力负担，从道理上讲也不能让个人完全负担。唯一的途径就是政府、单位和个人三方共同分担，而且政府应该出多一点。“三险”问题解决不好，事业单位的改革就难以深入下去。近年来，许多地方的事业单位改革往往因这一问题未能寻找到理想的解决的办法而使改革难以深入，这是我们需要认识的问题之二。事业单位转制改企，涉及国有资产的置换，国有资产的评估，国有资产授权经营等一系列问题，如操作不当，就会造成国有资产的大量流失。但即使操作再得当，也会因现行制度的不完善，政策执行得不彻底，以及工作水平和方式等一系列主客观原因，国有资产存量也会受到不同程度的损失。我们不能因为事业单位的改革而造成国有资产的大量流失，但是，我们也不能因害怕国有资产流失而放弃事业单位改革。虽然在理论上讲，改革与国有资产的流失之间没有必然的因果关系，但是，在改革实践中因各种因素的相互影响和许多不可预测的情况，流失的现象又是屡见不鲜的，这是我们需要认识的问题之三。
总之，如果我们对事业单位改革成本估计不足，那么成本问题就有可能会成为事业单位改革的“瓶颈问题”。因此，事业单位改革，无论是各级政府，还是事业单位自身仰或职工个人，都要有成本意识，要认真策划，努力做好相关方面的准备。
对事业单位改革复杂性和艰巨性的充分估计
我国事业单位的机构数量和从业人员总数，在世界各国都是绝无仅有的，遍及教、科、文、卫等社会的各个领域和各个层面，但在职能性质、组织形态、活动范围、运营方式、资金来源、隶属关系等方面，彼此间的差别又很大，不同类型事业单位的改革要求和目标选择并不完全一致。几十年来事业单位本身积累的矛盾和问题不少，关系盘根错节。相对于行政机构改革而言，其改革情况更为复杂，任务更加艰巨。要充分准备，统筹考虑，精心设计，大胆试点，理性总结，稳步推开，同时也需要各方面的大力支持和积极配合。从目前的情况来看，事业单位进行管理体制改革和机构改革，必然会产生事业单位人事制度改革、分配制度改革、养老制度改革等一系列改革的联动。因此，事业单位改革从一定意义上说是个系统工程，是系统的改革而非单项改革。
对事业单位改革目标的理性选择
事业