伤残军人、老红军现共有多人，这些特殊人群该如何享受医疗保险，如何缴纳医疗保险金，到目前还没有实际可行的处理办法。又如，个人帐户由单位建立，该如何管理，如何做到专款专用，补充医疗保险又该如何建立，是与商业保险挂钩，还是借鉴其他地区的各种较好的办法建立多层次医疗保险体系等等都有待于完善。
三患者自付比例高增加了医、保、患三方之间的矛盾
医疗保险制度中参保对象在患病后有一定的自付比例，特别是低住院医疗费用中个人自负的比例最高可达到百分之八十，增加了参保对象对医疗保险的不理解和不满意。而现行制度中，因政府财力不足，对医院投入不足，造成医院主要依靠药品收入来保证医院正常运转。重复用药、用好药、收费不合理的现象大量存在。在医疗费用结算中，药品费用占总医疗费用的百分之七十以上，而药品费用的乙类药品又占百分之七十五。致使人均住院费用高，患者负担加重。
四信息系统建立不完善
由于医疗保险的基础档案依赖于养老保险数据库，具有滞后性，如果养老保险的数据不能及时、顺利的更改，那么医疗保险的顺利开展和完善也无从谈起。至某年月份，共有多家单位因为台帐有误而欠缴、中断、未能及时更改，导致医疗保险的报销、支付受到阻碍。同时，信息系统因财力、人力不足无法配备完整。目前我县医疗保险结算方式采取的是，以按服务项目付费的结算方法手工结算的工作量大，效率也低，每天接待报销人员仅多人，更主要的是这种结算方式对医疗费用的支出比较难以控制，与定点医疗机构又不能实行实时结算，从而使医疗保险工作开展更为缓慢和困难。随着工作量不断增加，基金的征收、管理、支付都需要更多的人员参与管理，而我县社会保障部门目前负责信息建立与管理协调的仅有一人。管理人员过少，制约了医疗保险工作进一步深化。
五法制不健全，医疗保险强制性不强
《劳动法》的颁布是医疗保险制度进程迈进了一大步，有力的促进了医疗保险体系的建设，但是医疗保险的专业性法规较少，对那些只注重生产，不重视职工福利待遇的企业的约束力不强。
三、存在上述问题的主要原因
一宣传力度不够。医疗保险改革剧烈撞击着人们对医疗制度的旧观念。由于旧观念的转变需要一个较长的过程，加上医疗保险政策的复杂性，让人们难以认识和理解医疗保险到底是个什么新事物。虽然在医疗保险开始实施前也做过大量的宣传工作，但是效果不够明显。如现在很多参保人员在发生医疗费用时，还不知道自己已经参加医疗保险；很多单位受经济利益驱动，不向职工传达医保政策规定，造成很多职工根本不知道自己该享有这样的福利待遇。
二有关部门之间思想认识不够统一。如医疗保险主管部门主张将温州市区或者是省级医院作为定点医院，一是可以减少患者的自负金额，因为根据现行政策规定，外地就医个人需负担总费用的百分之十；二是为了增强竞争，提高我县医院管理服务水平。而其他有关部门却对此做法不以为然，理由是要保护地方经济，不让患者外流。而我县能够定点的医院很少，加上不能向县外扩展定点医疗机构，医院和医院之间缺乏有效的竞争，因此难以提高服务质量。思想认识不统一，容易产生工作不够协调，很大程度上阻碍了医疗保险健康有序的开展。
三对医院缺乏有效监督。一方面，目前我县参加医疗保险的人数太少，到某年月份，只有人参加医疗保险，在经济效益上不能引起定点医院对做好医疗保险服务这项工作引起的足够认识。另一方面，有关部门对个别定点医院开大方、不合理收费、重复检查等违规行为缺乏有效的约整机制，不能及时做出处理。
四公费医疗保障体制的存在，制约了医保体制的正常运