收据、合作医疗证（由于各乡镇打证工作进度不同，部分医疗证尚未发放到户的，应通知参合患者拿到医疗证后再申报）、户口本、身份证（对无身份证的应要求其开具户口所在地村委会或居委会的证实，本人委托他人代办的，代办人必需是和申报人在同一个医疗证上，或申报人授权的委托书，并且还须持代办人身份证），到原就诊医院的新农合治理科（站）进行申报登记，经办人员对申报人及其提交的资料进行初步核定后，留取其出院证、收费收据、合作医疗证、户口本或身份证复印件。各治理科（站）负责收取参合患者申报资料，并及时安排相关人员调取参合患者的住院病历资料、每日明细和汇总明细，组织专业人员进行手工审核，治理科（站）经办人复核，出院即报工作人员将该笔费用按规定格式（由中软技术人员培训）录入中心治理程序，打印支付三联单（红色第二联交参合患者，黄色第三联由治理科留存，白色第一联随月结报表一起报治理中心），在收据和三联单上分别加盖核销章后，通知参合患者到出院即报窗口领取补偿金。承诺在6周内审核、偿付。
2）通过定点医院治理系统录入时，申报人的医疗证号码取其医疗证首页家庭号码中的后10位，在加上申报人自己的家庭编号，如某参合户的医疗证号码为1302080101010001，个人号码为01，则其医疗证录入号码为010101000101，姓名录入时必须与医疗证相符，户口本或身份证与医疗证不符的，应及时报治理中心信息部更新参合人口数据库，收缴错误的医疗证，加盖治理科公章注明作废，重新打印新的医疗证，户口本和身份证不符合的，由户口所住地派出所出具相关证实，保证医疗证与身份证和户口本姓名相符；如住院时医院因录入造成姓名错误，应由医院相关科室核实后在出院发票、出院证、病历首页的参合人员姓名处予以更正，并加盖住院处章，否则不予报销。
3）在住院登记录入时，基础信息中疾病简称应选择和其出院证中主要的诊断对应的名称，出院证在开出时，必须要求医务人员填写全部的出院诊断，录入人员参照出院证将其它诊断录入到软件备注栏内，以便于统计和审核，依此来判定其费用发生情况是否和诊断相符，如诊断外用药情况的鉴定等。
4）三项目录采用汇总录入的方法，每一种药品只录入一次，但其单价必须按实际标准录入，避免因限价造成的审核差错。对目录外药品必须另外添加相关信息，应将名称、规格剂型等具体填写。某医院将人血白蛋白录入为人血不可取。
5）对中心标准库中有药品限价的，超出限价的目录内药品分别按目录内最高限价部分录入，其余部分按目录外药品采用同一名称再次录入；低于限价的目录内药品按实际收费录入。对中心标准库中未作限价的药品，其名称、剂型完全和中心库相符，不符合的（如：有其它商品名等）一律按自费对待。
6）为加快录入速度，对草药部分，根据河北省新农合基本药物目录规定，单味或复方均不支付的中药饮片及药材按自费项目录入，对不予支付草药一个名称录入，对单味使用不予支付的中药饮片及药材按目录内药品录入（在接口对码工作中同），仅仅在医院治理方面严格要求不予单味销售该类草药。录入时可以对全部草药的费用进行汇总录入，对应“单方或复方均予支付的饮片及药材”项目，以单价为草药汇总金额、数量为1.00录入。化验部分，无非凡限制的，可以先计算总化验费用（单价不超过300元的项目），对应中心库中的“血细胞分析”项目，汇总超过300的，再分解对应“尿液分析”项目，保障每项单价不得超过300元，否则系统将默认为70报销比例。软件中设计了大型设备检查阳性率是否阳性的按钮，录入是要根据审核病历情况，参照检查结果进行录入，凡