农村土地流转矛盾纠纷千差万别，要具体问题具体分析，逐一进行处理，先解决纠纷，后完善流转手续。
1、对转包转让型纠纷处理：一是要稳定二轮土地承包关系，依法保护原承包户的权利；二是看流转合同是否合规合法，符合法规的，围绕原流转合同条款做好工作，进行调解；三是对不规范的土地流转要及时做好矛盾双方的工作，以自愿为原则协商解决，并签订土地流转合同。四是土地流转必须坚持“依法、自愿、有偿”原则，凡违背这一原则的流转合同都是无效合同。土地流转主体是农户，要确保原承包户得到相应的流转收益。五是要规范流转行为，引导流转双方经过平等协商，订立土地流转合同，明确流转的时间、流转的用途、流转的补偿金额等。
2、对代耕代种型纠纷处理：明确二轮土地承包关系，要保护原承包户的土地承包权利。农户二轮土地承包中获得的承包地，其承包经营权不变。代耕代种农户应将土地返还给原承包户，集体收回的要无条件返还给原承包户。
（三）尊重历史，妥善处理机动地出租方与承包方的矛盾纠纷
此类纠纷的矛盾焦点有二个，一是减征农业税后，承租户要求少交或减免交租赁费；二是 “粮食直补”后，种粮农户要求得“直补款”。我们认为一要履行原租赁合同，维护合同严肃性。因为租赁承包不同于家庭承包，此类承包是少数农民占有较多土地资源。如果不交租赁费，明显不合理。至于租赁费的额度，矛盾双方可以协商，或经乡镇调解解决。二要落实好“直补”政策。
（四）稳定承包，实事求是地解决机动地发包方与承包方的矛盾纠纷
一要稳定原承包关系。此类承包属专业承包，有的还是通过招投标的方式承包的，只要原承包合同合法，发包、承包双方必须遵守合同。二要实事求是地解决纠纷。鉴于农业税减免、特产税取消后，其他农户负担减轻的情况，发包、承包双方可以通过平等协商，适当降低承包标的，降标额度不大于原农业税亩平负担额度，并签订补充协议，完善发包、承包手续，解决矛盾纠纷。
三、几点建议
（一）加大《中华人民共和国农村土地承包法》的宣传贯彻落实力度
《农村土地承包法》虽然出台了一年多，但宣传落实不够，相当一部分街镇、村干部还不了解《农村土地承包法》，下步要把《农村土地承包法》列入普法内容，加大培训力度。
（二）对农村土地承包情况进行全面执法检查，坚决纠正农村土地承包工作中侵犯农民权益的违规违法行为
要建立健全土地流转机制，经管部门要加强对土地流转工作的指导，建立土地流转合同的订立、鉴证、登记制度，根据“依法、自愿、有偿”的原则，探索农村土地流转的新机制，确保农村土地依法有序流转，促进农业结构调整和农业产业化经营。建议省市主管部门尽快出台农村土地流转的“游戏规则”。
（三）建立严格的耕地保护制度和土地流转日常管理机构
任何单位任何人占压农村耕地的，必须根据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国农村土地承包法》的规定，要与承包农户签订协议，履行合法的征占用手续，提高补偿标准。政府公益性建设占用土地也