项目和医疗服务设施标准等“三个目录”的建立，是基本医疗保险基金收支平衡的保证。所以，医保管理必须以“三个目标”为核心。医疗保险部门要通过与各定点医疗机构的配合，加强对医务人员医疗保险政策方面的培训，强调医务人员严格执行国家规定的“三个目录”，以此向参保人员提供服务。在使用目录以外的药品、诊疗和服务项目时要事先征得参保人员同意，教育医务人员自觉遵守医疗保险有关规定。利用各种宣传手段及时将有关医保政策公诸于众，让参保人员了解就医的有关权利和义务。同时医疗保险部门，要加大医疗费支付的审核力度，要求参保人员报销医药费时提供必要的手续，按规定比例核定、严格控制就医行为，做到费用与病情相符。保证医患保三方共同遵守医保政策规定，使参保人员医疗费用负担控制在合理的范围内，使医疗保险基金实现“收支平衡”，减少人为因素，消除风险。
进一步完善和强化医疗服务管理。建立定点医疗机构和定点零售药店的竞争准入和退出机制，改变目前总量偏少，结构上不合理现象。要从促进充分竞争、完善医疗服务功能体系，降低医疗服务成本，方便广大参保人员就医选择为出发点，把符合条件的医疗机构纳入定点范围；医疗保险经办机构要根据目标管理的要求，细化各项医疗服务和费用定额指标，明确费用结算依据，将各项管理指标和措施细化到定点管理协议中，以协议为依据，规范医疗服务和经办管理行为；加强监督检查，使医疗服务监督制度化，充分利用信息管理网络进行动态监控，建立健全顺畅的参保人员投诉反馈系统，发挥全社会的作用，确保基金不流失。
推行“三项制度改革”，早日实行医药分离。在医疗保险制度运作中，要真正解决“医药合谋”的问题，最有效的办法是实行医药分离，这将使参保职工得到更多的利益。医药分离能彻底割断药品销售与医疗机构之间的利益关系。如果医疗单位断绝了药品销售收入，必然会把主要精力集中到提高医疗水平、拓宽服务项目上，那么受益的将是广大参保职工。医疗保险机构就会实现用有限的资金为广大参保职工购买到最优质的医疗服务。所以，实行医药分离，势在必行。
加强计算机网络建设，建立健全医疗保险基金监测预警系统，确保基金的安全运行。医疗保险管理十分复杂，是一个庞大的系统工程，靠传统的手工操作已经无法完成。所以，必须实现管理手段现代化，建立计算机预警、监控系统，实行对医疗行为的全程管理，实现职工自由就医、监控系统，实行对医疗行为的全程管理，实现职工自由就医、政策调整一致、费用计算准确、医院结算快捷的程序化规范管理，防止个人行为的随意性，保证执行政策的严肃性。
改变出资方式，解决好困难企业职工医疗保险问题。目前，大批困难企业和过去改制企业职工的参保问题日渐突出。按现行的医疗保险政策，没有钱解决不了问题，但搞“一刀切”也不利于问题的解决。如何着眼于整体提高保障能力，拓宽筹资渠道，是摆在我们面前的一个十分重要的问题。没有困难企业职工的参保，医疗保险系统是不完整的。鉴于目前情况，单凭医疗保险部门是不可能奏效的。政府可否出一部分资金，变过去两方出资为三方出资，妥善解决这部分人员的后顾之忧，以保证医保基金的安全运行。
刚刚起步的医疗保险制度改革，已经取得了阶段性成果，医疗保险基金也有了部分积累。但短时间的运行不能说明政策制度的完美，还必须在实践中不断加以完善。