如交易客户和沉淀资金达到一定规模，很有可能引发系统性支付风险，并引发社会问题。
在国内，法律规定只有金融机构才有权利吸纳代理用户的钱，其他企业和机构不得从事类似的活动。但由于第三方支付平台出现不久，而且交易数额仍显不大，所以目前还没有相应金融监管法规和机构治理。专家认为，目前我国对电子支付方面的法律法规仍显单薄，由于数额较小，网上支付还没有引起一些金融监管部门的重视。但网上支付现在正处在高速发展时期，交易额在短期内也可能会有较大的增长。目前这个时期，是建立监管
体系的最佳时机。（2）电子货币发行合法性有待确定
目前许多网上支付平台实际上发行了某种形式的电子货币，客户以法定货币购买电子货币后即能用该电子货币购买注册在相应电子商务企业的不特定卖家提供的商品或服务，从而使该电子货币具有了广泛的支付能力。同样，手机支付使手机充值卡具备了电子货币的功能。而对于这种电子货币，尽管从国际电子支付业务发展趋势来看，基于网络发行的电子货币将成为今后电子商务中的重要支付工具，但由于目前国内缺乏对其性质、发行主体、使用范围等方面的法律规定，其合法性有待明确。
（3）第三方机构提供支付结算服务，突破了现行特许经营限制
许多支付服务机构为交易双方开立账户，并通过充值账户后以电子货币为载体进行账户间的支付结算，完成交易款项划拨。这种行为在事实上突破了商业银行“结算”业务和“代理收付款业务”专营的法律规定。此类业务的进一步发展非凡是当其达到一定规模后，势必对银行支付结算业务产生影响。
（4）加大资金非法转移监管
由于对网上交易的真实交易背景难以查证，网上支付平台有可能成为不法分子资金非法转移、套现资金的便利工具。买卖双方通过制造虚假交易，利用网上支付平台顺利完成资金转移，从而达到非法交易的目的（如洗钱、贿赂、非法回扣等）。比如，目前大部分的网上支付是基于银行卡完成的，买卖双方可以通过制造虚假交易，由买方通过信用卡透支消费，卖家收到款项后变现，从而达到非法套现的目的。信用卡套现具有较大风险，国内商业银行对信用卡取现有较严格限制并收取较高的费用，而通过网上支付平台则使持卡人非常便利地绕开了发卡行管制，以一般消费方式达到了预借现金的目的，假如该方式被广泛利用，信用卡套现金额过高，很有可能引发金融风险。
3.市场规范问题
（1）缺乏市场准入标准
根据有关数据显示，目前国内提供第三方支付服务的机构已经发展到50余家。在国家政策和经济环境的推动下，网上支付服务产业呈现出良好的发展趋势。于是，在短短一年内，第三方服务机构出现了爆炸式增长。而这些机构因为技术实力和经济实力的区别，提供的服务良莠不齐。目前，有些支付服务商开始着眼于“价格秀”，使整个市场看起来热闹而又显得有些无序。无序的竞争将影响产业的发展，影响服务的质量，而且存在潜在的金融风险。因此，为了保证支付产业的健康发展，为电子商务解决支付瓶颈，专家建议政府相关部门抓紧建立支付市场的准入制度，提高整个支付产业的服务水平和竞争力。
（2）缺乏相应法律法规
目前，具体到为电子商务服务的网上支付业务，法律上基本还是一个空白。传统的支付结算规则在网上支付业务规范中有一定的作用，但局限性很大。另外，目前涉及网上支付的法律只有《电子签名法》（解决了类似传统结算业务中签章的问题），规章有人民银行发布的《网上银行业务治理办法》、银监会的《电子银行业务治理办法》和人民银行的《电子支付指引》，除此没有其他规范