项目产生各种不利的影响，在工程建设过程中，扯皮、纠纷、责任推卸等情况时常发生。这些情况，对于代建制度的顺利推行是十分不利的。
（二）代建制度与现有的建设项目管理制度交迭
我国建设项目管理体制是伴随着市场经济的发展而逐步变化的，加上建设行政管理体制上的条条分割情况，便产生了一些具有条条分割特征的管理制度和机制形式，如工程咨询管理制度、工程监理制度、设计咨询制度以及其他各类细分的工程建设中介服务制度等。这些制度和机构组织的业务不仅具有同性质的重叠性，还因与政府的某行业的管理职能关联，通过各自的资质、资格及业务范围的管理而形成相对的封闭的运行机制，导致建设项目的中间管理服务环节过多，不仅造成资源浪费，管理低效等问题，还一定程度上阻碍了建筑领域的市场经济发展步伐，现在，又要在政府投资领域建设项目上再实行一个代建环节，是否会因增加一个中间环节而影响工程建设效能，也是客观存在的一个问题。根据国家法律法规规定，监理单位在工程建设过程中，应当承担工程质量、进度、投资控制义务和对项目的合同管理，信息管理以及工作协调责任。而目前的代建制度，代建单位在工程实施过程中所承担的权利与义务也大致如此。如果不能有效地处理好两者之间的关系，可能会对工程建设产生副作用。
（三）项目前期工作的风险
政府投资领域的项目管理中，前期准备工作的难点之一就是大量的房屋拆迁和土地征用问题，而过去这些工作往往是依靠政府的强有力的行政推动，并适时制定和调整相关政策来保证工程进度，表现的是政府行为，而采用代建制后，则改为相关企业完成此项工作，作为企业，往往很困难。并且在企业行为下，花费在房屋动迁的费用相对以前要多出许多，对工程总投资会造成不利的局面。
（四）现行体制阻碍代建企业的发展
代建企业大都隶属于政府部门，虽然根据政府体制改革的要求，代建企业正在改制，但从整体看，政企不分、产权不明、责权不清的现象依然存在。由于代建制企业与相关政府部门的裙带关系，自然形成一种行业保护主义、地方保护主义，这将极大的阻碍代建企业的市场竞争，对代建制企业的长远发展是相当不利的。
（五）从业人员素质需要提高
目前的代建行业中，项目管理人员的专业水平都很高，现场实践经验较多，但知识面偏窄，综合协调管理能力较弱，尤其是经济、管理、法律等方面知识和能力不足，缺少复合型人才。另外，代建单位的人员组织存在结构不合理现象，且培训经费缺乏，缺少专门培训机构。
三、解决思路
在保证有效利用政府资金、树政府廉洁、高效的形象，促进代建企业的快速发展的前提下，针对政府投资建设项目代建中存在的问题，我们应该理清代建工作思路：
(一)与建设单位协商，明确各项风险责任承担主体
现阶段，由于代建制度出现而产生的风险转移问题，主要因为委托代建的法律不明确，以及责任无法转移的情形，作为代建单位应通过与委托单位协商，明确项目风险承担主体。
(二)积极探索，建立一套有利于代建企业发展的体制
在我国具有代建制资质的企业，几乎清一色是隶属于某一个政府机关，有的甚至就是政府机构的原班人马。现阶段，这个带有垄断色彩的行为对于企业的发展有着得天独厚的效果，但对于企业的长期发展是相当不利的，行业的垄断限制了竞争，对于调动员工的积极性也有不利的一面，我们应该借鉴成功的经验，用现代企业管理的理念，深化企业的人事制度改革和分配制度改革，加强企业员工的凝聚力，以适应未来社会发展的需要。
(三)加强从业人员素质培养，增强企业核心