1）目前的审计过程均是人工操作，没有高科技手段的支撑和规范、实用的软件实现审计办公自动化，工作效率低下。另外，随着信息技术日益渗透到烟草企业的整个业务流程中去，审计技术手段与被审业务处理手段的反差使审计监督的有效性受到影响；（2）事后审计时效性差，同级审计的深度和广度不够，审计的最终结果也难以令人满意，不能充分发挥风险预警和防范作用。
（六）同级审计力量单薄，专业人才缺乏
目前烟草企业基本上都成立了同级审计工作小组，但在实际工作中，同级审计任务大都落在审计监察部门的头上。烟草行业现有的审计队伍在人员组成、结构配置上存在一些一时还难以解决的问题：一是审计人才配置不够合理，同级审计工作内容涵盖烟草企业所有的业务流程，但在人才配置方面却未做到以岗定员，人员配备基本上是2-4人，有的烟草企业仅仅是将审计科长并入监察部门，审计力量非常单薄，同级审计工作基本上要借助外部力量——有资质的会计师事务所来协助完成。二是业务素质不尽人意。审计人员不仅要通晓会计知识、审计理论和法律知识，还应掌握计算机知识，具有较强的综合分析能力，但许多审计人员业务操作区还基本停留在简单直观的统计、上报阶段，缺乏宏观分析能力、综合判断组织能力、准确决策能力，同级审计缺少专业精深、功底扎实的专门人才。
有效发挥同级审计监督效能的建议
随着社会主义市场经济的发展和经济体制改革步伐的加快，烟草行业的改革力度也不断增大，加强内部财务管理和审计监督是烟草行业深化改革的必然要求，有效发挥同级审计的监督效能就显得尤其重要。
（一）进一步完善烟草行业审计组织机构的设置
1、独立性原则是设立审计组织机构最根本的原则。按照这个原则，同级审计在组织机构、人员、工作和经费等方面应独立于被审计部门。反之，如果同级审计在组织机构、人员等方面无法独立于被审计部门，则审计人员在实际操作过程中就无法避免企业领导和其他职能部门及个人的干预，难以独立行使审计职权，最终在这种环境下形成的审计报告、审计结论，其客观性、公正性和有效性极其脆弱。
2、审计组织机构的设置直接关系到同级审计权威性的强弱。同级审计的权威性主要体现在审计机构的地位和设置层次上，审计机构的组织地位和层次越高，权威性越大，同级审计的作用就发挥得越充分。同级审计的组织地位和作用的发挥是相辅相成的，一方面组织地位的提高，独立性增强为审计人员卓有成效地履行职责，发挥审计的监督效能提供了条件；另一方面，效能的提升，为同级审计赢得较高的组织地位创造了机会。
3、烟草行业审计组织机构的设置应从平行于各职能部门的单一模式向更完善的结构方式转变。对照内部审计组织机构设置的原则要求，建议烟草行业同级审计机构从平行于本企业各职能部门的模式，向“上挂一级、统一管理”的模式转变，即对审计人员实行垂直领导，组织形式可以参照现有会计委派模式，人事权属上级公司。这样的机构设置可以较好地体现同级审计的独立性，从而使审计人员在工作中摆脱来自于本企业行政、经济等方方面面的干扰，使其工作更具客观性、公正性和有效性；同时，随着机构层次的提高，更有利于同级审计权威性的增强。
（二）正确处理好与领导及同级部门人员的关系。
进行同级审计，是审计人员的职责，是行业赋予审计人员的权力，是行业对审计人员的信任。但是，职责如何履行、权力如何使用、信任怎样取得，这些问题也是对审计人员的一次考验。审计人员要充分认识到同级审计任务