缺乏合作知识的宣传培训
农民专业合作社在我国尚处于发展的初级阶段，还是一个新生事物，很多人知之甚少，主要原因是宣传不到位。虽然国家 年出台了《农民专业合作社法》，对发展农民专业合作社的重要意义、发展原则、组织管理、设立登记等都有明确规定，但由于宣传不够， 又往往停留在报刊杂志、广播电台和领导讲话上，很多干部群众没有听到，也没看到，从而造成对发展合作社的必要性和对合作社的性质与作用认识不够。近几年省里通过开现场会和培训会，解决了各级政府和农业（经管）部门的思想认识问题，培养了一批合作知识辅导员，但还是难以适应合作社发展的需要。各地也开展了一些针对合作社管理人员的培训，但培训人数太少，合作社对成员的培训就更少了，往往只有一些技术性培训。由于缺乏平等互助的合作意识，导致合作社发展中存在“利益驱动”现象，有些政府官员认为，农民专业合作社是市场经营主体，又不纳税，没有好处；有人还认为是农民自己的事，政府不要去管；有些生产、加工和销售的龙头企业领办者，看到政府对农民专业合作社有扶持，纷纷包装挂牌农民专业合作社；有些专业大户领办者，以为办合作社等同于办公司，在盈利分配上完全按股金分配，在民主管理上，也是投资多的成员或理事会少数人说了算，完全不知道农民专业合作社是按交易额（量）分配为主，成员有平等管理合作社的权利。有些农民加入合作社的目的也只是为了得利，没有履行义务的意识，没有管理合作社建设合作社的主人翁意识。
2、政府部门指导力度不够
农民专业合作社既涉及到合作知识和组织管理，又涉及特色产业和技术、市场等问题，还涉及领办者带领成员共同致富的奉献精神，没有懂合作知识和有技术、有管理经验的人去指导，很难做到依法办社，很难成为政府推动“三农”工作的抓手，也很难得到农民群众的拥护。过去政府部门指导不够主要表现在四个方面：一是懂合作知识的辅导员太少。每个县（市）只有 - 人参加过培训，而且往往只有 个专职人员，有些还是兼职。乡镇一级基本没有专职人员。村里基本没人管，指导服务很难到位。二是深入农村指导服务的工作作风不够扎实。现在的指导最多只能跑马观花，很难做到深入细致开展调研和指导。而这项工作唯有直接向群众宣传，有针对性地指导合作社的管理人员，才能取得良好效果。我国解放初期的初级农业合作社，就是依靠各级干部深入农村宣传指导的。三是典型示范不够。典型示范是推动合作社发展的最有效的工作方式，但由于政府扶持和部门指导不够，导致典型示范太少，规范运作欠佳，服务效果有限。四是没有正确处理好规范与发展的关系。我们的基层指导者和农民专业合作社，往往强调“先发展，后规范”和“边发展，边规范”的合作社发展思路，缺乏“以规范促发展”的指导思想，一个县（市）、一个行业做几个盆景式的合作社，还不能做到规范运行，最后必然影响发展。老百姓看不到好处，影响加入的积极性，合作社也可能没有生命力，政府的政策扶持也很难加大力度。只要能办出一部分规范的合作社，让广大农民偿到甜头，夯实合作社服务基础，使农业增效，农民增收，合作社就会加快发展，政府也就会下定决心加大力度支持。
3、合作社内部运行机制不健全
目前，在农民专业合作社发展中，普遍存在内部运行机制不健全的问题，主要表现在内部机构不健全、决策不民主、分配不合法等方面，最突出的问题是利益关系不顺，核心是合作社能否给成员带来增值利润，这是合作经济的实质。实际上，国家出台的《农民专业合作社法》和农业部出台的《农民专业合作社示范章程》，对农民专业合作社的内部运行机制规定得既有原则又具