按照中央统一部署，从2009年9月到2009年2月底，司法部开展了深入学习实践科学发展观活动。司法部机关16个司局、17个在京直属单位和中央司法警官学院的1887名党员干部全员参加了学习实践活动。在党中央和中央学习实践活动领导小组的领导下，在中央第14指导检查组的直接指导下，司法部党组对学习实践活动高度重视，把学习实践活动作为一项重大政治任务，按照中央确定的指导思想、目标任务和主要原则，紧紧围绕科学发展主题，以“完善司法行政工作机制，提高服务科学发展水平”为实践载体，精心组织安排，切实加强领导，采取有力措施，确保了学习实践活动的扎实开展。
一是广泛动员发动，营造浓厚氛围。2009年10月7日，司法部召开了部机关全体党员干部和直属单位处以上党员干部1000多人参加的动员大会；在活动的每个阶段转段时，都召开动员会议，对广大党员干部进行再动员、再发动。充分利用中央和部属媒体，及时宣传中央关于学习实践活动的重要精神和部党组的安排部署，宣传报道司法部开展学习实践活动的情况和成效，为开展学习实践活动营造了良好舆论氛围。编发学习实践活动简报100多期，建立了学习实践活动联络员制度，及时了解反映各单位学习实践活动进展情况。
二是周密安排部署，精心组织实施。认真贯彻中央精神，紧密结合司法部实际，搞好整体设计，抓住关键环节，认真组织安排实施。从2009年9月19日开始，司法部即着手学习实践活动的各项准备工作。部党组多次召开会议，对司法部开展学习实践活动各项准备工作进行研究部署。认真研究制定学习实践活动实施方案，对学习实践活动3个阶段11个环节的工作做了全面、详细规定和具体安排。妥善安排各个环节工作，确保了司法部学习实践活动各阶段、各环节的工作相互衔接、紧凑有序。
三是认真组织学习，加强理论武装。按照中央确定的内容，组织广大党员干部认真学习胡锦涛总书记在全党深入学习实践科学发展观活动动员大会暨省部级主要领导干部专题研讨班上的重要讲话等中央规定的书目。同时，及时组织广大党员干部认真学习中央经济工作会议、纪念党的十一届三中全会召开30周年大会和全国政法工作会议精神，认真学习贯彻胡锦涛总书记一系列重要讲话和其他政治局常委重要讲话精神，以及中央学习实践科学发展观活动领导小组会议精神。部党组带头学习，召开党组会议组织专题学习，部党组理论学习中心组进行集中学习交流。认真组织全员集中学习培训，举办了两期部机关和直属单位处以上党员干部集中学习培训班，每期5天，部党组成员、部机关、直属单位处以上党员干部共424人参加；各司局、各单位普遍对处以下党员干部进行了不少于3天的集中学习培训。期间，共有1887名党员分期分批参加了集中学习培训。司法部先后举办了5次学习报告会，司法部部长吴爱英作学习报告，并邀请中央党校、国家发改委的专家学者做专题报告，请江苏、江西、四川三省司法厅负责同志介绍了开展学习实践活动的经验，请司法行政系统抗震救灾英模代表作先进事迹报告。开展解放思想讨论，紧紧围绕推动科学发展，以“解放思想、转变观念、创新机制”为主题，围绕事关科学发展和司法行政工作全局的重大问题，组织广大党员干部广泛开展了解放思想讨论，进一步解放了思想，更新了观念，形成了科学发展共识，推动了学习实践活动不断深入。
四是深入调查研究，找准突出问题。确定了司法行政工作服务科学发展、服务农村改革发展、深化司法行政体制机制改革等17个司法部重点调研课题，由党组成员负责，组成调研组，深入基层开展专题调研。各司局、各单位也结合工作实际，