合作的认识不足，加之相关法律法规不健全，有相当一部分农民缺乏合作的积极主动性，致使合作的范围尚小，许多农村合作组织还处于摇摆不定的初始化起步阶段。因而在具体的操作上，做到了"两规范、一完善"。一是规范政府行为。坚持民营团体进位、行政管理退位的原则，经过初期一段直接扶持之后，逐渐转向以指导和引导为主，逐步强化农民在合作组织中的主体地位。二是规范合作组织内部管理。层层成立理事会、监事会，发挥农民成员主体作用，增加农民成员的发言权;适应市场经济和现代企业制度的新要求，引入有管理经验的能人行家参与治理，提高合作组织经营管理水平，使专业合作组织全部达到了"四有"，即有章程，有组织，有机构，有制度。三是完善利益分配机制。以订单等契约合作方式保证农民利益，逐步使合作组织与农户结成紧密的利益共同体。大肚川亚麻厂组织农户以土地入股，包产包销，每年与农户签订技术服务和产品收购合同，有效规避了市场风险，形成了效益均沾的信用载体。
二、存在的问题
尽管农村经济合作组织建设取得了长足发展，但也存在着一些亟待解决的矛盾和问题。
一是组织合作不够规范，联接链条脆弱。组织与会员之间的利益关系不够紧密，没有明确的合同约束，有较大的不稳定性，基本处于好则合、不好则散，有利则合、遇险则散的松散状态。
二是运行机制不健全，缺乏有序管理。大部分合作组织没有严密的运行章程，董事会、理事会、监事会制度不够健全，成员素质不高，只是凭经验、凭干劲办事，自我完善、自我发展、自我服务的能力不强，影响了整体功能的发挥。
三是组织化程度不高，服务水平不高。多数合作组织没有兴办实体，服务基本停留在信息、技术咨询等层面，提供加工、储运等配套服务能力较弱，吸引力、凝聚力不强，尚不能适应新时期农业升级发展的要求。
三、对策与建议
着眼以工业化思路抓农业和解决农产品"卖难"，坚持"抓中介、活流通、强服务、保增收"，持续培育壮大新型农村经济合作组织，形成"组有专业大户、村有专业队伍、镇有合作公司、县有合作集团、产业有专业协会"的综合服务体系，支持和推动现代农业加速发展。
1、扶持引导，营造良好发展氛围。充分释放政策导向效应，推动农村经济合作组织健康发展。一是强化宣传。发挥电视、"村村通"网络平台作用，多层次、广视角向农民推介农村经济合作组织的意义及内涵，提高农户参与发展的积极性，扩大合作组织影响力。通过树典型、搞对比，让农民消除"与己无关"思想，切实体会到参与合作组织发展的实惠。二是优化政策。进一步制定倾斜政策，组织民政、工商、土地、财政、金融等部门在领照办证、场地征用、融通资金等方面给予扶持。组织农业、林业、畜牧等部门，在信息、项目、技术等方面大开绿灯，创造条件。三是规范引导。指导农村经济合作组织坚持可持续发展方向，根据相关法律法规，帮助农村经济合作组织解决好各种矛盾纠纷，保护其合法权益，既不能钻法律空子，又要促其健康发展。四是加强管理。定期对实力强、前景好的合作组织管理者进行培训，强化诚信、合同教育，遵守市场规则，确保农村经济组织有序发展。
2、理顺关系，完善内部运行机制。协调理顺好实体内部关系，做到"三个规范"。一是规范组织。因地制宜，逐步引导合作组织由小变大、由松散变紧密。针对登记管理混乱问题，依据相关法律，划清权属，监督合作组织及时注册，以免出现"黑组织"或非法组织，建立规范完善的合作组织体系。二