制存在的主要问题
（一）领导体制不顺，企业办政法不符合国家司法统一原则。
1、检察机关属于国家机关，检察机关的领导体制属于国家领导体制的范围，应遵循宪法和法律的规定。我国现行《宪法》第132条对检察机关的领导体制作了如下规定：“最高人民检察院是最高检察机关。最高人民检察院领导地方各级人民检察院和专门人民检察院的工作，上级人民检察院领导下级人民检察院的工作。”第133条“最高人民检察院对全国人民代表大会和全国人民代表大会常务委员会负责。地方各级人民检察院对产生它的国家权力机关和上级人民检察院负责。”《检察院组织法》第10条、《检察官法》第5条也都作了相应的规定。实践证实，上级检察机关对下级检察机关的领导关系，是中国特色的社会主义检察制度的重要内容。而黑龙江省林区检察机关实行的林业部门党委（党组）领导为主的领导体制，黑龙江省人民检察院只起到“协管”的作用。在黑龙江省，林区检察机关多数是设在黑龙江省森林工业总局的，黑龙江省森林工业总局是企业性质的单位，因此设在总局的检察机关在体制上属于企业院，其主管领导是黑龙江省森林工业总局，这种领导体制是有悖于法律的强制性规定的。并且由于总局享有人事任免权和经费的划拨等财权，使林区检察机关对森工党委的依附性强，在查处林区国家工作人员贪污贿赂、渎职侵权等职务犯罪中有畏难情绪。企业过多的干预，地方和部门保护主义对检察权的干扰，致使查处职务犯罪的力度不够，不能很好的履行法律赋予的监督职能，轻易丧失检察机关应有的公正性和独立性，危害我国社会主义法制的统一和权威。
2、上级人民检察院领导下级人民检察院的“工作”，不应仅限于“业务领导”。上级检察院领导下级检察院的工作，应包括政治思想、干部治理、业务工作和经费保障等诸方面的领导。而黑龙江省林区检察机关实行的双重领导的体制下，黑龙江省人民检察院仅能对林区检察机关的检察业务进行领导，在干部治理上是黑龙江省森林工业总局主管：林区人民检察分院的领导任免由林业部门党委（党组）提出人选，会同省人民检察院共同考核，由林业部门党委（党组）根据考核结果，并与省人民检察院协调一致后，按照法律规定任免。林区检察院作为我国检察机关的派出机构，是隶属于上一级检察机关的，黑龙江省林区检察分院隶属于黑龙江省人民检察院，在分院领导的任免上黑龙江省人民检察院应享有提名权，但现今的情况确与之相反，这种干部治理体制与《检察官法》《人民检察院组织法》的有关规定是相违反的。
（二）缺乏人大监督。
1、在我国，法律监督的最高机关是全国人民代表大会和它的常务委员会，检察机关的法律监督权则是受命于最高国家权力机关。两者实施的法律监督，存在着纵向的隶属关系。
2、国家权力机关不仅享有立法权和监督宪法、法律实施的权力，而且享有组织、产生检察机关的权力。
3、黑龙江国有林区仅在黑龙江省森林工业总局这一省级单位与省委、省政府存在隶属关系，并同时隶属于国家林业局。
（三）林区基层院设置不合理。
原松花江林区检察分院的苇河林区院、亚布力林区院同设在尚志市行政区域内，加上尚志市院，一个县境内有三个检察院；原牡丹江林区检察分院的柴河林区院、海林林区院、大海林林区院同设在海林市境内，一个县的行政区域内有四个检察院。这种不合理的设置，不仅仅浪费人力、物力，在案件的管辖也易造成混乱。
（四）林区检察干警没有纳入国家公务员序列，没有享受“从优待检”和《检察法》赋予的待遇，人员编制不足。
林区检察干警是企业编制，没有纳入到国家公务员序列，靠企业