围和增强监督的职能，对不能集中支付的资金通过授权支付的方式来解决。具体做法是，按照集中支付的要求，将单位预算资金划分为工资支出、专项支出、政府采购支出、缴费支出（包括各项托收支出），以及零星支出。对这些支出按分类采取不同的支付方式。如工资支出、政府采购支出、专项支出、缴费支出（包括各项托收支出）可以由核算中心集中支付，并按资金支付性质分别设立总账和按预算单位设置明细账。同时将支付信息通过网络及时返回给单位，而零星支出可通过授权单位支付的方式由单位直接支付。通过这种做法也是为今后全面推行国库集中收付制度奠定了基础。
3、进一步深化部门预算改革，彻底改革预算编制与执行为一体的旧管理制度。在编制预算过程中，要以“金财工程”为依据。集中支付为方向，创新预算编制方法。试尝改按资金性质，资金分类为按支出功能和支出经济分类编制预算，使预算与国库支付相配套。同时可引入“行政成本”概念，将预算分配与单位履行职能直接挂钩，并要做到尽量细化预算，统一标准，统一政策，以保证集中支付可操作性。
4、进一步完善、修订有关法律、制度。目前，各地进行的财政集中支付和国库集中收付制度改革虽然层次不同，模式各异。但碰到的问题是一致的。这就是目前的有关法律、法规、制度的改革不同步，影响了推行国库集中收付的改革进程。比如说现执行的《会计法》、《会计制度》、《财务准则》、《国家金库条例》、《国家预算收支科目》等等与当前改革的要求及不相配套，而且有些还需要制定出台新的制度。为了避免改革与相关的法律法规相低触，有必要改变传统观念，摆脱旧的管理方式，对相关的法律法规进行必要的修订和完善。
5、规范开支标准。严格执行现有的开支标准，不允许人为提高标准和扩大发放范围。财政、人事是制定开支标准的执行部门，要担负起职责，在执行上级部门有关规定的同时，应在权限范围内根据本地区的实际情况通过调查研究，合理、合法制定各项符合实际的开支标准。除此之外，对部门系统内部执行的未经财政、人事部门批准的有关奖金、津贴等开支一律不予支付，同时要加强票据管理，严格原始凭证七要素的审核，从源头上防止腐败现象的产生。
6、理顺各职能部门的关系，完善内部监督机制。会计集中核算制度实施以后，财政的管理工作的重点已从原来的分散理财逐步转向集中理财，从财务管理转向以预算管理为核心。但是目前财政内部的机构设置还停留在原来的管理体制上，而且存在职能不清，职能交叉等问题。因此，有必要对财政内设机构进行重组。以预算编制、预算执行和预算监督三大预算管理职能为支柱，以“金财工程”的预算编制，指标管理，资金申拨、集中支付功能为依托、完善、调整职权清晰、运作协调、相互制约、办事高效、行为规范的管理机构。从源头上防止政府腐败，增强政府经济运行的透明度，提高财政资金的使用效力。
7、加强宣传力度，营造良好的改革环境。当前会计集中核算制度的实施，牵涉面广，而且触动各方面权益，目前在社会上以及各部门对此认识并没有完全统一和理解，有的甚至还认为财政部门要“权”，因此这就需要我们加大宣传力度，统一思想认识，争取各部门党政领导的理解、支持和关心，同时还要加强财会人员的业务培训，进一步强化部门与财政共同理财的意识，为下一步推行国库集中收付制度的改革，营造良好的氛围。