来款很难做到纳入集中核算，因此，少数单位存在侥幸心里，在往来款中，混杂着很多隐性收入，有的单位甚至将上级补助资金，也隐蔽在往来款中核算，逃避了预算外资金管理。
3、会计主体问题。目前会计集中核算中心，大部分是财政部门的一个内设机构，没有法人资格，也不是会计主体，其职能无非是集中替单位进行会计核算。是一种中介代理机构的行为，而会计主体、法律责任、预算编制、理财机制仍是单位。这不但与“会计法”相违背，而且给工作带来许多弊端。如部分单位领导和报账员不愿得罪人，没有很好把关，把矛盾转移给核心中心，将一些明知不符合规定的支出也送核算中心结报。
4、资金使用效率仍然不高。会计集中核算后，在国库资金的拨付上仍没有脱离原状，无非是把原来拨给单位的财政资金改拨到核算中心，原来沉淀在单位的资金现沉淀在核算中心，据了解，我县纳入集中的54个行政事业单位，正常性沉淀在中心的资金在3000万元以上，而国库则起不到拓宽调度的作用，这与财政部实行国库单一账户，推行国库集中收付制度的目的。不相符的，偏离了改革方向。
5、费用开支的审核难把握。在实际操作过程中，发现目前费用开支标准比较混乱，各级财政部门制定的有之，上级主管部门制定的有之，地方各自制定的也有之，到底哪些可以执行，哪些不可以执行，核算中心难以把握。另外，现行有些开支标准又太低，不符合实际，有些合理的支出又没有规定具体标准，因此，各单位支出结报的标准很不统一，核算中心难以掌握。
6、单位报账员业务水平有待提高。会计集中核算后，单位只设报账员，取消了出纳和会计岗位。有些单位认为报账员不需要太专业的知识，因此把原财会人员调离岗位，而把一些不熟悉财务的人员安排到报账员岗位，有的还是兼职的，因此给中心和单位的财务管理，预算编制等一系列工作带来了很大影响。
三、解决问题的对策与建议从以上工作中所暴露出来的问题可以看出，会计集中核算制度还只是财政管理的一个低层次的改革，与推行国库集中收付制度还有较大差距。但作为一个新生事物，存在这样或那样的问题也是不可避免的。只要我们按照建立社会主义公共财政基本框架的总体要求，不断深化财政支出管理制度改革，不断完善制度，存在的矛盾和问题一定能够得到解决。为此，我们认为必须从以下几方面去做好工作。
1、做好会计集中核算向国库集中收付制度的转轨工作。目前我们实行的集中核算制度是撇开国库，以审查凭证、代理记账方式来对单位和部分财政资金的运行进行监督，以防范腐败现象发生的一种方式，它与国库集中收付制度相比，在改革的目标、深度途径上都有较大差距。因此，我们应在集中核算的基础上积极创造条件，做好转轨工作。首先对现行的财政内设机构进行改革，单设国库机构，并将核算中心看作是国库的一个延伸机构，定位为预算执行机构，接受国库机构的统一领导和管理，具体负责代替国库直接支付的业务。其做法是核算中心在商业银行开设支出专户作为财政零余额账户，国库总会计按照预算和拨款计划向会计核算中心支出专户拨付资金，然后由核算中心统一管理并根据有关单位（科室）提供的支付凭证进行审核，集中支付。其次按照会计法的会计主体的规定和三不变原则恢复预算单位的会计岗位，将原由核算中心核算的职能仍移交给单位，并由单位按规定权限承担资金使用、财务管理，按会计制度进行会计核算、编制会计报表。这种方式不仅解决了集中核算范围的局限性，而且能增强财政对单位的全部收支情况进行全过程监督。
2、在转轨过渡时期，逐步转变核算中心职能。要淡化核算，扩大集中支付范