协会管理模式”、“五统一管理模式”和“乡村卫生服务管理一体化管理模式”等，村卫生室的功能在一定程度上得到了有效发挥，工作有了较大进步。但是，由于种种原因，也存在着许多不容忽视的问题，主要表现在以下几个方面。
一是功能取向发生偏差。2001年5月8日，国务院体改办、国家计委、财政部、农业部、卫生部下发的《关于农村卫生改革与发展的指导意见》中指出：“加强村卫生室建设，使之能够为农民提供安全、方便的常见病诊治服务，并承担公共卫生和预防保健任务。”然而，我区现在的村卫生室大多把功能仅定位在常见病、多发病的诊治上，谋取经济利益的最大化，在本应该放在工作首位的公共卫生职能上履行职责不够，本末倒置。
二是管理机制不伦不类。村卫生室名义上是集体办医的村办村管体制，实则是村不管、不会管，村卫生室变相的成为个人行医性质。多数村卫生室只有一名乡村医生，进药、收费、财务不清、收费不准等不规范医疗行为较为普遍。由于村卫生室自负盈亏，为谋求利润，不规范的从医行为也时有发生。尽管这些年来卫生部门在管理上做了大量的工作，但村卫生室尚没有一种理想的管理模式，管理滞后的矛盾比较突出。
三是药品质量问题。在市场经济环境下，由于药贩比比皆是，乡村医生在进药时是乱花渐欲迷人眼，哪个的利润空间大就进哪个的药，根本不顾及、不考虑药品质量。由于我区没有设立药品质量主管部门等原因，便形成了药品质量管理真空，造成农村药品市场混乱和药品质量低下，无法保证用药安全。
四是从业人员素质参差不齐。目前乡村医生中大多是通过培训而取得乡村医生资格执业的，正规医药院校毕业的只有极少部分。由于大多数乡村医生属土生土长，造成许多医药院校毕业生不能到卫生室参加工作，人员不能更新。《国家执业医师法》出台后，绝大部分乡村医护人员进不了门槛，没有真正具备行医资格。为尊重历史，采取培训考试方式对合格者颁发上岗证让其上岗，但实际业务水平并没有多大程度提高，难以保证农村医疗卫生工作质量。
五是公共卫生工作质量难于保证。改革开放以来，农村的环境卫生面貌有了一定的改观。但从总体上看，农村环境面貌脏、乱、差的问题没有从根本上得到解决。随着经济发展和社会的进步，农村大卫生问题逐渐突出，一些已基本控制和消灭的传染病有死灰复燃的迹象，一些新的传染病也不时出现。村级公共卫生基本无人管。加上乡村医生无稳定的工资收入，其劳务报酬全靠药品差价来获取，造成其工作重心放在诊治疾病上也就不足为奇了。由于利益取向的偏移，预防保健、健康教育、爱国卫生等公共卫生工作便出现工作真空，工作质量更无从谈起。
六是村卫生室建设与设备投入无来源。按规定村级卫生室用房由村提供，但我区目前多数村难以落实；有的村虽然提供了，但都是些简陋偏僻的房屋，有的以家代室，有的面积不足，有的缺少必备的医疗器械。虽然前几年通过开展甲级村卫生室创建活动，部分卫生室的硬件建设有了较大改善，但大多是乡村医生靠自己的力量，当地村委会根本没投入。
七是工作不平衡。我区目前只有60%的村设立了卫生室，真正符合甲级村卫生室标准的不多，尚有部分村卫生室达标还有困难，边远山区村卫生室空白村尚有7家；在防疫妇幼工作上，公路沿线较好，边远山区较差。
三、年工作目标及措施
搞好农村卫生工作事关广大农村群众的直接利益。农村医疗预防保健做好了，更能使农村群众感受到党和政府的温暖。这既是实践“三个代表”重要思想的具体表现，也是党全心全意为人民办实事的重要方面，更是全面建设小康社