入思考分析，开展批评与自我批评，进一步提高思想认识，明确努力方向。上级党组织要派人列席非公有制经济组织专题民主生活会和组织生活会。
2、形成分析检查报告（材料）。设党委的非公有制经济组织要撰写领导班子分析检查报告，其他非公有制经济组织中的党组织形成简要分析检查材料。党组织要紧密联系实际，开展"四对照四查找"和"三查三看"，充分运用学习调研、征求意见和专题民主（组织）生活会成果，重点围绕发展思路、制度机制、员工队伍建设等，系统全面的梳理存在的问题，充分体现党员在科学发展上形成的共识。分析检查报告初稿形成后，召开党组织扩大会议进行讨论，以适当方式听取各方面意见，认真修改完善，并报区委指导检查组和上级党组织审核把关。分析检查报告和分析检查材料形成后要在党组织全体党员会上宣读，征求党员的意见，为制定整改落实措施打好基础。
第三阶段：整改落实（12月初至2010年1月中旬）。主要抓好制定整改落实方案（措施）、解决突出问题两项工作。
1、制定整改落实方案（措施）。设党委的非公有制经济组织要制定整改落实方案，其他非公有制经济组织中的党组织要制定整改落实措施。要以分析检查报告（材料）为依据，对查摆出来的突出问题和需要完善的制度，按照"四明确一承诺"的要求， 即：明确整改落实项目、目标任务、责任领导和时限要求，认真制定整改落实方案（措施）。整改项目分近期、中期、长期解决三个层面，近期能够解决的问题必须在学习实践活动结束时得到解决，中期能够解决的问题必须在学习实践活动结束后的半年内解决，长期能够解决的问题必须在学习实践活动结束后一年内解决。整改落实方案（措施）要报区委指导检查组和上级党组织审核把关，以适当方式向党员、职工、非公有制经济组织业主公布，并作出公开承诺。整改落实情况要向党员、职工、非公有制经济组织业主通报，接受监督。
2、集中解决突出问题。坚持边学边改、边查边改，深入开展"集中整改促发展"活动，按照什么问题突出就集中解决什么问题的原则，建立整改落实台帐管理、挂牌销号、督查通报等制度，促进整改落实。要找准党建工作与企业发展的结合点和切入点，集中力量解决非公有制经济组织党组织开展活动难、发挥作用难的问题，探索建立科学有效的党建工作新途径，努力把党的政治优势转化为发展优势。要协助非公有制经济组织找准经营管理中存在的突出问题，促进非公有制经济组织科学发展。要协调好非公有制经济组织员工与非公有制经济组织业主的关系，多为职工群众办实事、办好事，多办看得见、摸的着、促进非公有制经济组织科学发展的实事，维护双方的合法权益，促进劳资关系和谐。同时，要按照科学发展观要求，建立健全体现现代企业制度特点、适应市场经济发展要求的决策营运机制、风险防范机制和职工权益保障机制等，形成推动非公有制经济组织科学发展的长效机制。
集中学习实践活动基本结束时，要及时做好总结工作，适时组织群众对学习实践活动进行满意度测评，主要测评群众对解决影响和制约非公有制经济组织科学发展突出问题的满意度，对开展学习实践活动实际效果的满意度。巩固提高阶段，要认真组织"回头看"，针对存在的问题及时"补课"。要进一步完善整改落实措施，使学习实践活动中尚未解决的突出问题继续得到有效