加强治理，强化监督是保证合作医疗制度有效运行，取信于民，健康和可持续发展的重要措施和手段，是保证新型农村合作医疗制度顺利运行、健康发展的要害。合作医疗的治理主要是指经办机构（如：合作医疗治理局）对供需双方（参保群众和医疗机构）行为的治理。合作医疗的监督是指某一监督主体以一定的方式对上述三方行为的监督和评价。一、新型农村合作医疗的运行治理（一）成立新型农村合作医疗治理机构
按照精简、效能的原则和能级原理，各级政府都应建立新型农村合作医疗治理机构，隶属于同级政府领导，接受上级治理机构的指导。
--省（自治区、直辖市）人民政府成立新型农村合作医疗协调小组，由省政府领导任组长，卫生、财政、农业、民政、发改委、扶贫、审计等部门负责人参加。下设办公室，可与同级卫生厅（局）的基妇处（农村卫生处）合署办公，也可单独设立。
协调小组负责对建立、发展和完善新型农村合作医疗制度的领导、组织、协调和政策制定等宏观治理工作。具体工作有：
1.制定合作医疗治理办法、资金统筹办法、合作医疗实施规划和年度计划；
2.确定各级地方财政对参加合作医疗农民的具体补助标准；
3.制定合作医疗基金财务治理办法、会计核算制度等规章制度；
4.协调有关部门落实相关政策和资金，共同做好农村合作医疗工作；
5.定期向同级党委、人大、政府汇报合作医疗工作进展及存在问题，研究解决问题的政策措施。
协调小组办公室负责新型农村合作医疗的具体治理工作。包括:
1.培训合作医疗治理人员；
2.指导合作医疗实施方案的制定，审查合作医疗实施方案；
3.制定治理规章制度，合作医疗基本用药目录，乡村医生基本用药目录等；
4.检查督导新型农村合作医疗制度的实施，规范其运行；
5.及时研究解决合作医疗运行中存在的问题；
6.定期向合作医疗治理委员会汇报合作医疗运行情况等。
--市政府成立新型农村合作医疗协调小组，由政府领导任组长，卫生、财政、农业、民政、发改委、扶贫、审计等部门负责人参加。下设办公室，可与同级卫生局的基妇科合署办公，也可单独设立。
--县（市）级人民政府成立新型农村合作医疗治理委员会，由政府领导任主任，卫生、财政、农业、民政、发改委、扶贫、审计等有关部门负责人以及参加合作医疗的农民代表组成，负责有关组织、协调、治理和指导工作。委员会下设经办机构，工作人员一般不少于8-10人，也可根据服务人口数核定编制（一般按3-5万人配备1人）。经办机构应定为行政事业编制，比照公务员治理，财政全额供给。
县新型农村合作医疗治理委员会负责有关组织、领导、协调、调度、治理、监督、考核、奖惩等工作。具体工作有:
1.合作医疗的组织宣传发动工作；
2.制定新型农村合作医疗发展规划和计划；
3.制定新型农村合作医疗实施方案、章程和各项治理
规章制度(包括:村卫生室、乡镇卫生院工作职责，治理制度，工作制度，补偿报销制度，基本用药目录，自费药品目录，不予补偿的医疗范围，转诊制度，基金财务治理办法，基金财务核算制度，信息统计治理制度以及监督、考核、奖惩制度等)。
4.确定合作医疗基金筹资标准，支付范围，支付标准和补偿比例；指定国有商业银行设立专用账户，保证合作医疗基金专户储存、专账治理、专款专用。
5.定期检查、监督合作医疗基金筹集、治理和使用情况，保持基金的收支平衡。
6.及时研究协调解决合作医疗运行中的问题，使合作医疗基金发挥最大效益，公平、合理地补偿合作医疗参加