一些工商业比较发达、财政收入主要来自于非农业税源的农村，原来就没有太多地方性收费，提高农业税率反而可能增加了农业和农民的税负水平。而即使在经济不太发达的地区，农业税税率在不同区位也未必要划一，比如一些城市郊区，人均土地面积比较少，但级差地租比较高，假如按照农业税计税土地以耕地面积为计税依据（农业税经常以过去几年的粮食作物平均产量核定），就必然导致税收降低过多，从而扩大了地方财政缺口。
第三，形式上，目前的农村税改希望通过建立新体制的办法来减少农民负担，但似乎并没有充分考虑基层财政的可持续性，所以，到目前为止也没有看到上级政府、尤其是中心政府在转移支付方面的制度性和常规化安排。因此，最终可能仍然摆脱不了利用行政性措施来强行实施的办法。假如地方财政出现巨大压力，而上级政府财政转移支付又无法完全补足，那么上级政府要么背离原先不再收费的承诺，要么就不得不采取强制性行政措施，要求地方必须在不增加税费的前提下自行克服财政困难，而地方政府为了正常运转的需要，
加上可能被已经存在的遗留债务问题捆住手脚，往往很难做到这一点。
第四，新税制改革忽视了上级政府管制的实施在农村税费问题上的要害作用。实施上级政府的各种管制构成地方政府的主要任务，但在不同级政府之间信息不对称的情况下，上级政府永远不可能真正弄清执行这些管制到底需要多少经费和人员，也就不可能建立责、权、利明晰的制度化转移支付安排。地方政府总是有各种理由要求扩大转移支付。事实上，这一问题在农税改革刚刚开始后不久就已初露端倪，很多地方政府并不是努力去削减地方行政开支、裁减冗余人员，而是以各种理由去千方百计争取上级政府的转移支付。这是上级政府要通过下级政府实施管制，但又存在信息不对称情况下的必然结果。由此看来，放松和解除不必要的管制构成了解决农民负担问题，乃至建构可持续农村新税制的要害环节。
农村税改设计的缺陷和出路 第五，现有税改强调了减少税负的绝对水平，却没有充分考虑建立健全地方公共财政体系，并为农村公共产品供给建立充足、高效的融资渠道。在放松和解除上级政府管制后，基层政府的工作重点必须转移到提供地方性公共产品，包括基础设施、农田水利和农村基础教育等方向来。有效的公共品供给能够提高农业和农村经济的生产力，并最终有利于农民收入和生活水平的提高。因此，在合理利用财政支出的前提下，税负绝对水平的提高可能会伴随税负相对（于收入）水平的下降。从这个意义上讲，单纯强调减少农民税费的政策可能具有片面性。
总之，农村税费问题，乃至整个“三农”问题的解决，不可能依靠一两项改革措施，而是需要不断总结经验，逐步推进。作为中国经济体制改革的一个重要组成部分，农村税费改革的根本出路在于放松以至彻底解除各种不合理的管制政策。但“放松管制”也绝非一个简单的问题。政府管制本身包括了很多内容，且其贯彻实施涉及政府组织结构、财政收支体制、地方公共品供给机制以及行业治理体制等多方面的关系，甚至和意识形态问题挂钩。每一个环节配合不当均可能使改革前功尽弃。农民的税收负担如何减低、税收的累退特性如何扭转等问题必须结合当前农村经济的整体形势和结构性特点来分析，不能就事论事，更不能将改革的目光单纯地局限在税收体制之内。
进一步说，中国农村问题的根本出路在于加速生产要素的流转，改善产业结构，提高农民的收入和消费状况，提高就业水平和工业化、城镇化速度。税费改革必须结合这个背景展开，才能取得良好的效果。具体的改革措施应当以取消“不合理管制政策”为核心，切实提高农民真实收入，并充分考虑