纪处罚代替了职业上的惩罚，有名无实；成绩考核制度也存在较大缺陷，一些基层银行仅以完成存款的多少来考核评价员工和决定工资待遇，忽视资产的风险状况。所以总的来说，这样的制度不利于风险控制。
2、内部组织结构不科学，人员素质控制不到位。由于机构岗位之间的分工不明确，经常会出现责任推委的情况，利益的交叉也使得权力制衡在运行中失灵。而且，各层之间的授权审批制度没有规范化，授权过大、过小或越权现象严重。再加上对职工的录用把关不严，培训考试过程又流于形式，这些都易导致业务上的操作风险。
3、风险控制手段
不足，风险控制系统不全。国有商业银行缺乏正常的风险补偿、风险转移和风险分散机制。在风险补偿方面，未分配利润远不适应迅速扩大的资产规模，1的呆账预备金过少；在风险转移方面，能够转移风险的衍生金融市场尚未形成：在风险分散方面，由于我国仍处于分业经营状态，不利于风险分散，从而一定程度上的导致国有商业银行过多的采取风险回避而降低收益。
（四）从信息交流方面看
我国国有商业银行在信息的真实性和传递效率上存在很大的问题。
1、会计信息失真。由于各种客观和主观的原因，国有商业银行的会计要素经常出现错漏现象。更严重的是一些分支行机构为了显示业绩而随意修改会计报表、作假账、违规操作。这一方面与我国会计制度存在缺陷有关，也与人员的素质有关，更与监管不力有关。
2、治理信息系统建设置后。治理信息系统具有收集、加工、处理内外部信息并转换成对治理者有用的信息的功能。我国国有商业银行的计算机应用还主要停留在操作层面的会计信息系统，面向治理层面的治理信息系统建设落后，因而不能很好的辅助治理人员对信息作出准确的细节分析和综合把握，从而及时发现风险、化解风险。这种滞后造成的原因，一是受传统的影响，对信息治理工作不够重视，银行没有专门的信息治理部门：二是缺乏既懂业务又懂电脑的人才，限制了技术的开发。
3、信息的传递效率低下。我国国有商业银行的信息传递是靠金字塔式的组织来完成的，由总行到一级分行、二级分行等，最后到基层，多达七个层级，链条冗长，虽然计算机互联网消除了许多时滞因素，但信息上行下达过程中出现的人为拖延、理解偏差，导致高层与基层行动步调上的不一致。
（五）从内部监督与审查来看
1、内部审计独立性不强。我国国有商业银行内部审计直属行长领导，对行长负责，报酬由行长决定，这实际上一定程度削弱了对行长及其负责范围内业务的监督，严重影响了审计的独立性，从而影响了审计工作的公正性和效果，不利于其发挥监督职能。
2、审计人员的思想素质和技术水平有待提高，内部审计方法有待完善。审计人员自身对本职工作的重要性没有深入熟悉，且长期以来沿袭旧的审计方法，将审计主要局限在专项审计和突出检查，方式单一，覆盖面不广，审查频度不高，审计水平有限，只注重事后稽查而忽视事前防范、事中控制，不能充分发挥其预警效果。
四、建立完善的内部控制系统的建议
（一）坚持进行股份制改革，并逐步完善公司治理结构
股改是国有商业银行治理改革的必由之路。只有通过改制，剪断国有商业银行联结在国家母体上的“脐带”，使股权结构多元化，银行资本社会化，才能促使国有商业银行以其法人财产权承担有限责任，以市场经济规则去经营，去承担和防范风险，去选人用人，才能使其经营者排除经营因素的干扰，聚精会神谋发展。在此基础上，现代企业的公司治理结构必须加以完善。首要的是建立规范的董事会和监事会，适当引进外部独立董事和监事，明确划分股东、董事会、监事会、高级治理层、经理