有商业银行的公司法人治理结构发生了很大的变化，但与真正市场化的货币金融企业相去甚远。首先，由于产权问题还未得到最终解决，公司治理架构不健全。其次，权力的委托和分配更多是依靠行政力量，不能保证其独立于政府的经济性、市场性。再次，在激励与约束机制方面，主要实行行政级别的升迁的官本位制，易造成高级治理层注重短期业绩，忽视长期和滞后风险的现象。另外，在监督机制方面，以党政机关的纪律和有关规定监督为主，缺乏股东和资本市场的有效的实质性监督，且各权力部门之间独立性不强，界限模糊，缺乏制衡约束力量，易造成政府监管与银行内部信息不对称
，滋生腐败行为。
3、风险治理理念落后。我国国有商业银行的高层治理人员对风险治理不够重视，没有设立专门的风险治理部门，风险的治理分散在不同的部门，往往存在多头治理，不利于发现问题。同时对于风险治理的熟悉经常具有片面性，缺乏全面正确的风险治理观念。表现在计划体制下的完全漠视到现在强化风险治理和责任下的对风险采取过度规避，而过度规避影响了业务的正常发展。
4、没有独特的企业文化和优秀的企业精神。在市场经济条件下，国有商业银行对员工思想道德教育的普遍不重视导致许多不规范或不道德的行为，如：有法不依、有章不循、违法违规经营，为一己之私而损害集体利益，无团队精神，无主人翁姿态，缺乏责任感，甚至以权谋私、以贷谋私，大肆侵吞国家财产。2003年，国家有关部门为打击这些现象，制定了一系列严格的规章制度约束职工行为，但收效甚微。这说明，单纯的规章约束远远不够，还必须培育银行企业文化，外部的“硬约束”要通过良好的内部“软约束”才能发挥作用。
（二）从风险评估来看
风险评估是风险控制的基础和前提，是全面、准确、及时的了解和把握银行风险的内控要素。我国国有商业银行在风险评估意识、方法、技术等方面还比较落后。
1、风险评估的方法技术落后，人才缺乏。由于治理层的不重视和高技术人才的缺乏，我国国有商业银行的风险评估主要依靠定性的、人为控制的直接治理方法，如信贷审查方式，而未使用定性和定量相结合的客观的科学方法。这导致了风险治理的专业化程度和效率较低，非凡是对于已标准化的可批量处理的银行资金交易和零售业务，没有实现以模型等定量分析为主的间接治理方法。而且，由于缺乏专业化的技术人员和足够的数据信息，目前我国商业银行尚未建立更为科学的内部评级法，也就无法使用国际银行界广泛使用的var技术和creditmeterics方法，无法对风险做出准确的识别和分析，更谈不上建立起科学的风险治理体系了。
2、风险评估主要局限于信用风险，而对其他风险和一些新业务缺乏必要的分析。我国国有商业银行的风险评估大多是针对信贷业务设计的，而对市场风险、利率风险、外汇风险等其它业务的风险评估还处于空白，对衍生金融工具、中间业务等新业务的风险更加缺乏监控。这对于业务范围不断扩大的国有商业银行是一个隐患。
（三）从内部控制活动来看
内部控制活动是内部控制最重要、最具有现实意义的子系统，而我国国有商业银行开展的内部控制活动总体效果不理想。
1、现行的内控规章制度不健全、不系统、不科学。我国国有商业银行的规章制度有的过时，跟不上发展需要，没有及时修订；有的新业务的开展还没有制定规章制度来约束，运作上带有盲目性；有的制度过于简单，操作性不强；有的又过于严格、机械等等。值得注重的几点是：实际工作中有制可循却缺乏严格的执行，使一些基本制度如柜台交叉复核、双人双责和事后监察难以落实，替岗、代岗，代人签章现象时有发生；奖惩制度往往以党纪政