分成三部分，一是将基金的90%作为大病住院补偿;二是将基金的5%用于大病救助;三是将5%的基金列为风险储备金。设置了住院治疗起付线和单次住院的封顶线及年度补偿封顶线。为了扩展筹资渠道，调动农民参加合作医疗的积极性，鼓励乡和村集体经济组织资助农民参加合作医疗。对乡和村集体经济组织资助的村民提高报销比例10%—20%，通过两年的运行，合作医疗基金基本达到了收支平衡。来源于：
(三)调整政策，惠及农民
新型农村合作医疗是新事物，它没有现成的经验可以借鉴，也没有成熟的模式可以效仿，搞好农村合作医疗工作需要在实践中不断探索，不断的适应，适时的做出调整。两年来，区财政局多次开展调研，听取了乡镇村领导、定点医院和合管站工作人员及参合农民等各方面的意见和建议，并根据这些意见和建议，对合作医疗的相关政策先后进行了三次调整。主要措施：一是取消病种限制和扩大了药品目录。按照《*省基本医疗保险和工伤保险药品目录》，参合农民用药享受与城镇医保同等待遇。二是增加定点医院。定点医院由启动时的12家增加到20家，其中省市专科医院3家，三级医院4家、二级医院4家、一级医院9家，农民住院不需要逐级转诊，在20家定点医院内自主选择，方便了农民就诊，提高了农民的医疗保障水平。
三是降低定点医院起付线，提高单次住院封顶线。起付线一级医院由450元调整为100元，二级医院由600元调整为200元，三级医院由800元调整为500元，省市(专科)医院由2000元调整为1500元;封顶线一级医院由2000元调整为2500元，二级医院由2600元调整为3000元，三级医院由2800元调整为3300元，省市(专科)医院由3000元调整为3500元。四是增加重症门诊补偿。对患有糖尿病及合并症、高血压病ш期、恶性肿瘤、尿毒症(包括肾移植术后用药)、再生障碍性贫血、帕金森氏综合症、系统性红斑狼疮、慢性重症肝炎肝硬化等八种慢性重症疾病的患者在门诊治疗时，全年可以得到1000—6000元不等的门诊医疗费用的补偿，解决了他们的经济困难及对后续治疗提供了帮助。到20*年底已有156人办理了重症门诊手续，有197人次得到了报销补偿，补偿资金10.4万元。五是制定了外出务工人员急诊就诊的报销补偿办法，调动了外出务工人员参合的积极性。
六是制定了“新合医”与“乡村合医”并轨的管理办法。提高农民的医疗保障水平。七是为参合的农民进行一次免费健康体检，体检项目涉及内、外、五官等26个项目，发现患有不同慢性病的有6000余人次，建立了以家庭为单位的健康档案;八是区财政为“五保户”承担了参合费用，并按每人每月30元医疗补偿标准下拨到福利院统一管理，专款专用;九是实施大病救助，对由于医疗费用过高影响家庭生产生活的农民给予医疗救助。两年来，共有624人得到大病医疗救助，救助资金66.4万余元。
两年来，共有4246(包括重症门诊)人次，享受了合作医疗的报销补偿。其中得到3000元以上补偿的有337人次，获1万元以上补偿(含大病救助)的有34人，*乡农民张仲英得到30000元补偿救助金，成为当时在全省范围内获补偿最高的受益者。20*年度青菱乡村民金惠英因患尿毒症获得补偿及救助金30000元，为她透析治疗提供了很大帮助。
(四)加强定点医院的管理，维护农民的切身利益
新型农村合作医疗定点医院是新型农村合作医疗制度实施的重要组织部分，定点医院管理的好坏直接影响农民的医疗保障水平，影